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Nature Communications:理性设计RNA瞬态结构上取得进展

RNA在溶液中除了存在自由能较低的高丰度的基态构象(Ground States),往往还存在自由能较高的低丰度的激发态构象(Excited States,也称瞬态构象)。多种构象之间的切换在RNA与配

2022-04-04

Applied Microbiology and Biotechnology:设计新型引物助力海沟微生物多样性检测

近日,上海交通大学海洋学院张宇研究员指导的博士生杨娜在环境微生物领域经典期刊《Applied Microbiology and Biotechnology》上发表题为“Novel prim

2022-04-05

Biosensors & Bioelectronics:科学家设计出应用于血液中凝血酶精准检测的高灵敏度传感器

  近期,中国科学院合肥物质科学研究院智能机械研究所吴正岩和张嘉团队设计出一种高灵敏度的适配体传感器,可以实现对血液中凝血酶浓度的精准检测。

2022-04-08

Fertility and Sterility Science:为拯救男性不育,科学家开始从头“打印”睾丸细胞...

  不孕不育症正影响全球超过15%的夫妇,而其中至少一半病例来自男性。无精子症、精子数量少或精子活力低都会导致男性不育症。在男性中,精子被称为曲细精管的生精小管产生。但对于患有最严重男性不育非阻塞性无精症(NOA)的患者来说,由于他们的生精小管产生精子的能力较差,因此在射精中几乎找不到精子。对于这些患者,医生通常会采取手术来寻找极其罕见的

2022-03-22

Nature:建立新的蛋白质从头设计方法

 近期,中国科学技术大学教授刘海燕、副教授陈泉团队采用数据驱动策略,提出一条全新的蛋白质从头设计路线,相关成果2月9日以“用于蛋白质设计的以主链为中心的神经网络能量函数”为题发表于《自然》(Nature)杂志。蛋白质是生命功能的主要执行者,其结构与功能由氨基酸序列所决定。目前,能够形成稳定三维结构的蛋白质几乎全部是天然蛋白质,其氨基酸序列是长期自然

2022-02-11

Nature Machine Intelligence:发现基于Transformer的多肽-HLA I类结合预测和疫苗的新生抗原序列设计

  近日,国际知名期刊《Nature Machine Intelligence》在线发表了上海交通大学生命科学技术学院魏冬青团队的研究论文《A transformer-based model to predict peptide–HLA class I binding and optimize mutated peptides for v

2022-03-25

Molecular Cancer: 癌症患者以嵌合体为靶点的蛋白水解酶设计的临床考虑

识别致癌或非致癌的药物易损性是癌症研究的一个主要目标。致癌过程主要由结构基因组改变产生,包括突变、拷贝数变异或基因组重排。这些修饰中的一些可以转化为修饰的蛋白质,其功能的获得或丧失有利于生存或增殖,以及其他生物学作用。

2022-03-23

Nucleic Acids Research:我国科学家开发一种“精准-鲁棒性”基因路线设计原理

  合成生物学的发展使得在生命体中设计动态复杂功能成为可能。但合成生物学中人工基因路线稳定性差、功能脆弱、易受干扰等问题制约着通过合成生物学实现“设计生命”的进一步发展。理论的鲁棒性和实验的可操作性平衡是基因线路在复杂环境下执行预设功能的挑战,是实现“设计生命”的关键瓶颈问题之一。近日,中国科学院深圳先进技术研究院联合北京大学、中国科学院

2022-03-18

Nature:重新设计的Cas9版本可让基因编辑更安全

在一项新的研究中,来自美国德克萨斯大学奥斯汀分校的研究人员对一种广泛使用的基于CRISPR的基因编辑工具中的一个关键组件---Cas9---进行重新设计,使得它靶向错误的DNA片段的可能性降低数千倍,同时保持与原始的Cas9版本一样的效率,使得它可能更加安全。

2022-03-08

对免疫系统进行重编程,有望设计出新一代更高效抵抗血癌和实体瘤的CAR-T细胞疗法

如今,在一项新的研究中,来自美国纽约基因组中心和纽约大学的研究人员开发出一种基因筛选平台,以确定能够增强免疫细胞的基因,使它们在体内能够更加持久存在,并提高它们根除肿瘤细胞的能力。

2022-03-18