基于Oxford Nanopore平台的单细胞全长转录组
——应用和实践
基于Oxford Nanopore平台的单细胞全长转录组测序突破了读长限制,让研究人员能够通过便捷、高效的流程从单张芯片获得上亿条完整转录本序列,从而在转录本层面分析细胞间差异。搭配ONT开发的分析流程,仅使用ONT数据就可以实现单细胞基因表达、转录本表达等多种下游分析。
“纳米见微,孔明知著”
Oxford Nanopore癌症研究用户分享会
测序技术在过去二十年中的快速发展为人类基因组带来了前所未有的洞见。研究人员现在可以使用高通量测序对人类基因组样本进行常规分析以发现一系列与疾病相关的致病变异。
然而癌症是一种具有挑战性的多因素疾病,并且大部分癌症无法通过使用传统短读长测序技术检测到的简单点突变来解释。 因此,现在的癌症研究越来越重视分析结构变异 (SV)、DNA 甲基化和转录本的作用--它们与多种癌症有关。 此外,要真正了解其底层生物学机制,将变异定相到父本或母本的染色体上是至关重要的。 这样的广泛的分析超出了传统测序技术的限制, 需要使用多种且通常不精确的技术。纳米孔测序的独特特性使研究人员能够在前所未有的分辨率,解锁先前隐藏的变异并加速支持人类健康的研究。
9月14日,我们邀请到Oxford Nanopore Technologies领域应用技术专家蒲子婧博士,北京大学人民医院主任医师王殊,云南省肿瘤医院主任医师周永春,哈尔滨工业大学助理教授姜涛,举办“纳米见微,孔明知著”, Oxford Nanopore癌症研究用户线上分享会,届时,大家可以通过在线问答的方式与这些嘉宾们进行互动。
使用Nanopore技术从头组装药用植物地黄基因组
中国拥有丰富的药用植物资源,对药用植物的使用、栽培历史悠久,测序行业的不断发展推动药用植物的研究,加速了传统的研究方法向微观分子水平的转变。由贝纳基因主导,多家单位共同参与的千种药用植物基因组数据库于2021年6月正式上线:www.herbgenome.com ,目前已收录100+种药用植物基因组数据。
继9月9日湖北中医药大学研究员、博士生导师刘义飞老师的“黄连基因组揭示了小檗碱多样性"和9月16日深圳中国科学院仙湖植物园万涛研究员的“百岁兰基因组揭示其在沙漠极端干旱环境下的长寿机制”之后,9月23日,我们邀请到武汉贝纳科技有限公司项目总监牛妍博士,带来“使用Nanopore技术从头组装药用植物地黄基因组”的在线技术讲座。
会议日程
时间 | 主题 | 讲师 |
15:00-15:15 | 欢迎与纳米孔测序技术介绍 | 王小薇 Oxford Nanopore 大客户经理 |
15:15-15:55 | 使用Nanopore技术从头组装药用植物地黄基因组 | 牛妍博士 武汉贝纳科技有限公司项目总监 |
15:55-16:00 | 在线答疑 | all |
PTMScan® HS:CST新一代修饰蛋白质组学解决方案
PTMScan® 技术是 Cell Signaling Technology 科学家们开发的用于检测蛋白翻译后修饰(Post-Translational Modification,PTM)的实验方法。它结合了抗体富集PTM肽与液相色谱-质谱(LC-MS/MS)检测肽的技术,解决了PTM肽在酶消化后样品中呈现低丰度而无法被检测到的难题。PTMScan® 系列实验工具是针对不同的PTM肽的免疫亲和纯化试剂盒。
本讲座会介绍最新产品,包括新一代PTMScan® HS(High Sensitivity, High Specificity, High Simplicity 高灵敏度, 高特异性,高度简化)泛素化/小类泛素化试剂盒,也会介绍对研究工具及方法的优化及其应用。
嘉宾简介:
朱奕颖 博士(CST),2014年在美国Brown大学获得博士学位,之后在哈佛牙医学院附属Forsyth研究所质谱中心从事博士后研究。2015年加入美国Cell Signaling Technology (CST) 公司总部。现任CST资深科学家,主要负责蛋白质组学类新产品的研发。 已有十几年蛋白质组学研究经验,有丰富的质谱应用类产品及质谱服务开发经验,深谙实验痛点及技术难点,熟悉各类方法的细节及其应用,并为研究者提供切实可行的解决方案。
细胞外基质(ECM)的研究现状与展望
The present and upcoming new paradigm of extracellular matrix (ECM)
细胞外基质的结构比我们想象的还要复杂. 细胞外基质成分的作用是什么?它是如何影响细胞的?我们对细胞外基质有足够的了解吗?在这里,ROKIT Healthcare将给我们呈现所有关于细胞外基质的问题,从而揭示为什么细胞外基质研究如此重要!
The structure of extracellular matrix is more complex than we think.What is the role of extracellular matrix components?How does it affect cells?Do we know enough about extracellular matrix?Here, ROKIT Healthcare will present us with all the questions about extracellular matrix, so as to reveal why extracellular matrix research is so important!
PTMScan®技术:疾病相关信号通路高通量分析及相关标志物发现的质谱研究新策略
蛋白翻译后修饰(PTM)对蛋白的功能、定位、稳定性及疾病相关的信号通路有关键作用。Cell Signaling Technology(CST)开发了基于蛋白质组学的PTMScan®技术来专注于分析调节性PTMs。本讲座将通过应用案例分享,介绍CST的PTMScan®蛋白质组学解决方案在疾病信号通路高通量分析、相关标志物发现中的价值,并比较不同高通量筛选策略的优缺点。另外本讲座还会介绍CST最新的蛋白质组学研究方法和工具,以及使用过程中的相关注意事项。
回看链接:http://bioon.gensee.com/webcast/site/vod/play-f109d2f68100476f848069ddb4448498
蛋白翻译后修饰组学技术(PTMScan®)在精准医学中的应用
尽管目前大数据的获得会采用基因组学和转录组学,但是核心的发现还是依赖蛋白质组数据而得到的。近来越来越多的研究表明蛋白组学驱动的精准医学具有极大的实用性和普适性,蛋白组学的研究更加速了临床转化的进程。蛋白翻译后修饰(post-translational modification, PTM)赋予了蛋白种类的丰富性及蛋白功能的多样化,研究蛋白翻译后修饰不仅可以确定蛋白修饰(磷酸化、泛素化、酰化、甲基化、SUMO化等)或蛋白酶裂解的新位点,还可以发现生物标记物及探索药物/化学调节物的作用机制。但是,PTM 肽经常呈现低丰度,因此很难从总蛋白肽中高效获得足够的 PTM 数据。为解决这一难题,Cell Signaling Technology (CST™) 早在2005年就开发了 PTMScan® 技术,这是一种将含 PTM 肽的抗体富集与液相色谱-质谱联用技术 (LC-MS/MS) 相结合的专利的蛋白质组学实验方法。PTMScan® 技术能够识别与量化数百至数千的肽(即使是丰度最低的肽),通过分析总结这些成百上千的数据,该技术可为精准医学中疾病的分型、特殊药物的用药及特别类型肿瘤药物的研发提供强有力的工具。本场 Webinar 会详细介绍PTMScan® 技术,并结合精准医学中的应用案例介绍如何选择和使用相关PTMScan® 产品。
SureDesign 二代测序捕获panel设计全攻略
除了从头设计,它还可以用来修改现有目录产品,让你坐享“前人”的成果;你还可以将自己在SureDesign上的设计分享、受权给合作伙伴,让他们也能使用你的设计合成探针。
当然,要更好的应用SureDesign这一强大的工具还应该掌握一些技巧和窍门,这些你听完本次讲座便明了了。
通过本次讲座你将了解:
· SureDesign NGS panel设计技巧及注意事项
· 如何在SureDesign中建立collaboration(合作)分享设计
质谱代谢组学技术:精准医学的赋能者——Beyondbiomarker,towardsmechanism
众所周知,多组学(Multi-Omics)技术是精准医学研究的重要抓手之一,不同组学研究能为揭示疾病标志物与致病机制提供不同分子层次上的有益视角。有容乃大,众行则远,针对不同疾病的特性与研究需求,灵活调配各种组学技术,兼容并用,已然成为精准医学实践中自觉自发的一种研究模式,引人关注,蔚为大观。作为生物信息流传递的下游与遗传-暴露因素复杂互作级联效应的读取器,生物体液中富蕴的代谢组信息与生物表型之间存在着天然上的最大似然,代谢组学技术在既往的转化医学研究中呈现出的价值人所共知。正如学界倡议的那样直截了当,Metabolomics Enables Precision Medicine!此次,让我们一起回顾代谢组学与转化医学守望相助、风云激荡的过往,纵观技术的悄然进步如何成就精准医学更好的现下与将来。主要分享的内容有:
· 以史为鉴,继往开来:代谢组学在精准医学中的应用与启示
· 盘马弯弓,引而待发:质谱代谢组学的技术体系与研究流程
· 西北望,射天狼:最新技术进展之从非靶向到靶向、从谱库到云端的全面出击
· 结语:了却客户烦心事