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Genome Biology:科研人员开发出在单细胞中识别染色质类染色质拓扑相关结构域结构的算法

  基因组DNA和组蛋白以特定的形式高度折叠在细胞核中,这一高级结构即三维基因组学,对细胞核内的诸多生命活动至关重要。基于染色质构象捕获(3C),尤其是高通量技术(Hi-C,ChIA-PET)的发展推动了三维基因组的研究,发现了包括染色质拓扑相关结构域(TAD),染色质环等一系列层次化的结构特征。近年来,单细胞水平下的Hi-C研究成为三维

2021-08-02

人类调控相关非编码变异整合解析方面取得进展

  人类基因组中97%的区域虽不编码蛋白,但仍具有不可忽视的功能,已知超过90%与疾病和性状关联的变异均位于非编码区。然而,相关变异的生物学功能与机制仍有待进一步探索。近日,北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)、北京未来基因诊断高精尖创新中心(ICG)、北京大学生命科学学院生物信息中心(CBI)、蛋白质与植物基因研究国家重点实验室

2021-08-02

科学家们如何利用人类芯片来改善人类健康?

近年来,随着人类芯片技术研究的不断深入,科学家们在利用芯片技术改善人类健康和疾病研究上取得了很多显著的成绩,本文中,小编就对相关研究成果进行整理!分享给大家!【1】Nat Commun:科学家成功研发肺癌类器官快速药敏检测芯片doi:10.1038/s41467-021-22676-1近日,北京大学人民医院胸外科王俊院士课题组与清华大学刘鹏研究员课题组、北京

2021-07-30

Nature:利用人工智能系统Alphafold发布最完整的预测人类蛋白质三维结构数据库

2021年7月24日讯/生物谷BIOON/---2021年7月22日,DeepMind宣布与欧洲分子生物学实验室(EMBL)合作,为人类蛋白质组的预测蛋白质结构模型建立迄今为止最完整、最精确的数据库。这将涵盖人类基因组所表达的全部约20000种蛋白质,并且这些数据将免费向科学界公开提供。该数据库和人工智能系统为结构生物学家提供了探究蛋白质三维结构的强大的新工

2021-07-24

Nature:AlphaFold震撼揭示98.5%人类蛋白质结构

7月22日,顶级期刊《Nature》带来了一项令科学家们振臂高呼的文章。DeepMind公司宣布旗下人工智能系统AlphaFold已经实现对98.5%已知人类蛋白质以及大肠杆菌、果蝇、斑马鱼等20种模式生物蛋白质的结构预测。更惊人的是,该系统还能够对其预测结果的置信度进行测量。也就是说,生物学家们盼了数十年,终于盼来了一个“给力”的科研“外挂”。蛋白质是构成

2021-07-23

Science、Nature同日发文,50年生物学难题迎来两款AI产品破局

蛋白质(protein)是构成生命体的重要物质,其功能在很大程度上取决于它独特的三维结构。在过去的50年里,“蛋白质折叠问题”一直是生物学界最大的谜团之一。尽管X 射线晶体学和冷冻电子显微镜等实验技术的加入已经帮助确定了约10万种蛋白质结构,但与人体内数十亿已知蛋白质序列的相比,可谓是杯水车薪。转折出现在2018年,曾开发了著名人工智能围棋程序AlphaGo

2021-07-16

Cell Death & Differentiation重磅综述:神经疾病中细胞死亡的分子机制

紧密协调的程序性细胞死亡(PCD)信号事件在正常的神经元发育过程中以空间和时间受限的方式建立神经结构并塑造中枢神经系统。PCD信号级联的异常,如凋亡、坏死、焦亡、铁腐、自噬相关的细胞死亡以及非程序性坏死,可在各种神经疾病的发病机制中观察到。这些细胞死亡可以在各种形式的细胞应激(由细胞内或细胞外刺激施加)和炎症过程中被激活。PCD通路的异常激活是神经退行性疾病

2021-06-25

Nature子刊:通过机器学习模型识别复杂疾病的重要生物标记物

2021年5月27日讯/随着高通量技术的发展,通过世界各地研究人员的共同努力,形成了大型公共数据库,如癌症基因组图谱(TCGA)。这对阐明疾病表型的分子机制具有重大意义。然而,由于癌症等复杂疾病的病理以及其在遗传、基因组和蛋白质组水平上复杂的分子机制,研究复杂的人类疾病仍具有挑战性。目前,已有很多基于机器学习的方法开发出来,包括非线性核支持向量机(SVMs)

2021-05-31

肠道微生物组最新研究进展(第8期)

随着科学家们研究的不断深入,近年来肠道微生物组相继得到全球多国科学家的重点关注和研究,很多研究都发现肠道微生物组与机体多方面健康和疾病都密切相关,本文中,小编就整理了多篇重要文章,共同解读科学家们肠道微生物组研究方面取得的新进展,与大家一起学习! 癌性恶病质与临床病理特征的比较图片来源:https://doi.org/10.1038/s41396-

2021-05-30

生物谷推荐:5月必看的重磅级研究Top10

转眼间5月份已经接近尾声了,这个月又有哪些亮点研究值得我们深入学习一下呢?小编根据本月新闻的类型、热度和研究领域筛选出了本月的重磅级研究Top10,与大家一起学习。【1】Science子刊:我国科学家开发出比CAR-T细胞疗法更有效摧毁实体瘤的STAR-T细胞疗法doi:10.1126/scitranslmed.abb5191当前的嵌合抗原受体(CAR)T细

2021-05-29