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MIT科学家发明癌症驱动突变挖掘算法

研究人员基于概率深度学习方法开发的Dig算法可快速、准确地在测试基因组中寻找潜在的突变基因,其在构建中性突变率模型和识别候选驱动基因方面的强大性能,突出了深度学习在该类研究中的广阔前景。

2022-07-19

Nucleic Acids Research:同济大学王晨飞团队开发空间转录组分析算法——STRIDE

近些年,高通量单细胞测序技术的发展,使得研究人员能够在单细胞分辨率研究复杂生物系统中细胞的异质性,但在实验过程中需要经历组织消化等操作,导致细胞在组织中原始位置信息的丢失。新兴的空间转录组学技术则在定量基因表达水平的同时,保留了细胞的空间信息,研究人员得以在空间背景下研究细胞不同的功能状态以及细胞间的相互作用。然而,由于技术的限制,目前大多数空间转录组或是检

2022-03-12

Diabetes Care:一种基于机器学习的算法或能更好地管理糖尿病和心血管疾病风险

来自耶鲁大学等机构的科学家们通过研究开发了一种名为INSIGHT的新型在线工具,其或能为SGLT2抑制剂在开具处方时提供一种机器学习方法,从而让2型糖尿病患者获益最大。

2022-02-14

Nature Biotechnology:我国科学家发明计算超分辨图像重建算法拓展荧光显微镜分辨率极限

 自2014年诺贝尔化学奖授予了超分辨显微技术以来,超分辨成像技术取得了巨大的进步,成像的分辨率得到了进一步的提高。然而受限于荧光分子单位时间内发出的光子数,超分辨成像技术在时间分辨率和空间分辨率上难于获得同等提高。近日,发表在《Nature Biotechnology》上的一项题为“Sparse deconvolution improves th

2021-12-09

Science封面重磅:新型AI算法准确预测RNA三维结构

  近日,美国斯坦福大学在读博士生 Stephan Eismann 和 Raphael Townshend 在计算机副教授 Ron Dror 的指导下,利用目前先进的神经网络技术,成功开发出了一种全新 RNA 三维结构预测模型——ARES。与其他传统 AI 算法不同,ARES 的结构框架并不是针对 RNA 结构设计,而是针对原子结构设计的

2021-09-01

Nature Communications:研究基于深度学习算法优化序列特异性的C-to-G单碱基编辑器

Nature Communications发表了题为Optimization of C-to-G base editors with sequence context preference predictable by machine learning methods的研究论文,该研究由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心、上海脑科学与类脑研究中心研究员孙

2021-08-17

Genome Biology:科研人员开发出在单细胞中识别染色质类染色质拓扑相关结构域结构的算法

  基因组DNA和组蛋白以特定的形式高度折叠在细胞核中,这一高级结构即三维基因组学,对细胞核内的诸多生命活动至关重要。基于染色质构象捕获(3C),尤其是高通量技术(Hi-C,ChIA-PET)的发展推动了三维基因组的研究,发现了包括染色质拓扑相关结构域(TAD),染色质环等一系列层次化的结构特征。近年来,单细胞水平下的Hi-C研究成为三维

2021-08-02

科学家们如何利用算法来加速人类疾病研究?

本文中,小编整理了多篇研究报告,共同聚焦科学家们如何利用算法来加速人类疾病研究?分享给大家!【1】Diabetes Care:新研究发现多种人工智能算法在检测糖尿病视网膜病变方面存在性能差异doi:10.2337/dc20-1877糖尿病仍然是美国成人失明新病例的主要原因。糖尿病视网膜病变是导致视力下降的最常见的糖尿病相关眼病。但是,目前缺乏眼科保健提供者,

2021-01-24

PNAS:科学家利用机器学习算法来识别人类基因组中的古老RNA病毒片段!

2021年2月4日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,一篇发表在国际杂志Proceedings of the National Academy of Sciences上的研究报告中,来自日本多个研究机构的科学家们通过研究,成功利用机器学习算法来从人类基因组中识别古老的RNA病毒残留物,文章中,研究人员描述了他们如何教授AI系统来识别RNA病毒残留并利用其在

2021-02-04

加拿大研究人员创建用于药物发现的新型蛋白质折叠算法

  据多伦多大学网站报道,该校唐纳利细胞与生物分子研究中心(Donnelly Centre for Cellular and Biomolecular Research)的计算生物学家开发了一种人工智能算法,可用于发现用于精准治疗的全新蛋白质分子。相关论文已发表在《细胞系统》(Cell Systems)杂志上。由分子遗传学教授菲利普·金(

2021-01-13