Nature 子刊：多组学数据与机器学习识别新的癌症基因
癌症基因的鉴定在精准肿瘤学和癌症治疗学的发展中起着至关重要的作用。癌症的进展被认为是由驱动基因突变的积累引起的，这些突变赋予细胞选择性的生长优势。在过去的几年里，人们致力于从遗传大数据中找出癌症基因，预测癌症基因的最初方法是寻找显着突变的基因，然而，目前已知的癌症基因（KCG）目录的完整性仍存在争议。尽管成千上万的癌症基因组序列有助于癌症基因的鉴定，但仍存在
中国学者公布莲基因组数据库
近日，武汉市园林科学研究院和中科院武汉植物园携手研发出破译荷花遗传密码的莲基因组数据库。日前，该数据库在国际知名学术期刊公布，供各国荷花研究人员免费共享。据介绍，水生植物莲是地球上最早出现的开花植物之一。研究发现，早在约1.4亿年前蕨类植物和恐龙称霸地球的时代，在北半球许多水域已有莲的分布。武汉市园林科学研究院具有悠久的荷花研究传统与历史，目前收
研究公布水生植物莲的基因组遗传变异与表达数据库
莲为水生植物，俗称荷花（莲科莲属），莲的起源较早，对研究被子植物（有花植物）的起源与演化具有重要的指导意义。在实际生产中，莲花色、花型丰富多样，且赋予了特殊的文化内涵，在园林景观中应用广泛；兼具食用、药用等重要价值，引发学界关注。基于此，中国科学院武汉植物园水生植物生物地理学学科组与武汉市园林科学研究院科研人员合作，构建了莲的基因组遗
研究发布新的非编码RNA整合资源NONCODEV6数据库
长非编码RNA（long non-coding RNAs）是一类长度大于200 nt的非编码RNA。已有研究表明，长非编码RNA具有重要的调控功能，在植物和动物的生物学过程中发挥重要作用。此外，lncRNA还与人类一些疾病的发生发展密切相关。因此，对lncRNA的注释、探索lncRNA的功能具有重要意义。近年来，一些研究集中于lncRNA功能的探
研究人员建立衰老生物学多组学数据库
随着人口老龄化程度加剧，实现健康老龄化是亟待解决的社会问题和科学问题。近年来，随着衰老相关研究成果的不断增多和高通量测序技术的日益发展，衰老相关多组学数据层出叠见。然而，目前尚缺乏综合性的整合衰老生物学多组学数据的数据资源库。中国科学院动物研究所刘光慧研究组、曲静研究组，与北京基因组研究所（国家生物信息中心）鲍一明研究组、张维绮研究组合作建立了A
研究人员发表基于离子淌度质谱的多维代谢物鉴定技术和数据库
中国科学院上海有机化学研究所生物与化学交叉研究中心研究员朱正江课题组发展了基于离子淌度质谱的碰撞截面积数据库（AllCCS），并开发出基于离子淌度质谱的多维代谢物分析技术，用于生命体内已知和未知代谢物的化学结构鉴定。离子淌度质谱（Ion Mobility-Mass Spectrometry）是一类能够根据分析物离子的尺寸、形状和电荷进行气相分离和检测的质谱技
Nature Communications：研究发表单细胞转录组数据检索新方法和参考数据库
作为细胞异质性研究的重要工具，单细胞转录组测序技术近年来蓬勃发展，并积累了大量研究数据。若能有效利用现有的单细胞数据进行检索与推断，研究者便能更好地进行新测序单细胞的注释，以及综合多数据集的研究。然而，精确的单细胞转录组数据检索和注释需要克服两个挑战：一、数据集之间的批次效应（batch effect）会显着影响细胞检索的可靠性；二、目前缺少跨物
新冠病毒可能令健康人患糖尿病，科学家建糖尿病监测数据库
越来越多的学术研究和新冠患者的临床证据表明，新冠病毒病毒会破坏人体产生胰岛素的细胞，从而令健康人患上糖尿病。为此，科学家已经开始行动起来，建立数据库，收集没有糖尿病病史或血糖控制问题的COVID-19和高血糖患者的信息。对于大多数1型糖尿病患者来说，身体的免疫细胞开始破坏胰腺中的细胞，也就是负责产生激素胰岛素的细胞，这个过程通常是突然的。糖尿病已经被认为是导
《自然》发布迄今最大规模人类遗传变异体数据库
今日，顶尖学术期刊《自然》的最新一期如约上线，登上封面的主题是“基因组聚集数据库（gnomAD）”。这份由多国研究者联合发展起来的公开目录，是迄今为止最大规模的人体遗传变异体数据库，汇集了超过14万人的基因组测序或外显子组测序数据。在本期《自然》杂志上，一共发表了4篇相关论文。此外，在Nature Medicine、Nature Communic
科学家开发出新型遗传数据库—gnomAD 有望帮助攻克多种罕见疾病！
2020年5月31日 讯 /生物谷BIOON/ --近日，来自麻省理工学院、哈佛大学和伦敦帝国理工学院等机构的科学家们通过研究开发了世界上最大的DNA遗传突变公开数据库，其中有些突变会引发人类疾病。研究人员在7篇具有里程碑意义的文章中描述了这种数据库，即基因组聚合数据库（gnomAD，Genome Aggregation Database）， 其中包括了来自