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Science:利用新型机器学习技术准确预测蛋白和RNA三维结构

美国斯坦福大学博士生Stephan Eismann和Raphael Townshend在该大学计算机科学副教授Ron Dror的指导下,利用巧妙的新型机器学习技术,开发出一种通过计算预测准确结构来克服这一问题的人工智能算法。最值得注意的是,即使只从少数已知结构中学习,他们的方法仍然成功,这使得它适用于那些结构最难通过实验确定的分子类型。

2021-08-28

Genes & Development:发表增强子eRNA调控三维基因组重要研究进展

增强子是人类基因组中一大类非常重要的顺式调控元件,能够参与染色质的空间折叠和基因的表达调控。在人类基因组中存在着成千上万的增强子,它们在组织器官发育过程的基因调控中起到重要作用。上世纪90年代,研究者发现增强子能够转录出RNA。直至2010年,增强子转录出的RNA才被命名为eRNA。在eRNA刚被发现的时候,它们被当成不具有生物学功能的转录“副产物”。随着研

2021-09-18

中山医学院丁俊军教授团队系统绘制相分离溶解与重建过程的染色质三维结构图谱

细胞内广泛存在相分离(Phase Separation)现象,成千上万的蛋白或核酸分子在复杂的细胞内部形成一个一个无膜“隔间”,就像油滴在水中一样,彼此互不干扰地参与细胞内如转录调控、应激、蛋白质质量控制、DNA复制等多种重要的生物学过程。1,6-己二醇(1,6-HD)是一种能够使得相分离液滴溶解的化学小分子,它是目前唯一的能同时破坏多种相的工具,所以非常有

2021-09-03

研究发现人源甲状旁腺激素受体2复合物三维结构

中国科学院上海药物研究所王明伟/杨德华团队、徐华强/赵丽华团队携手蒋华良/程曦团队,在PNAS上在线发表了研究成果Molecular insights into differentiated ligand recognition of the human parathyroid hormone receptor 2。这篇由诺贝尔化学奖得主Robert J.

2021-08-10

eLife:解析人源葡萄糖依赖性促胰岛素释放多肽受体三维结构

   葡萄糖依赖性促胰岛素释放多肽受体(Glucose-dependent insulinotropic polypeptide receptor, GIPR)属于B1类G蛋白偶联受体,在脂肪生成、胰岛β细胞增殖和胰岛素释放等方面发挥重要作用,与2型糖尿病、肥胖症和神经退行性疾病相关。该受体的内源性配体为葡萄糖依赖性促胰岛素释放

2021-08-04

Nature:利用人工智能系统Alphafold发布最完整的预测人类蛋白质三维结构数据库

2021年7月24日讯/生物谷BIOON/---2021年7月22日,DeepMind宣布与欧洲分子生物学实验室(EMBL)合作,为人类蛋白质组的预测蛋白质结构模型建立迄今为止最完整、最精确的数据库。这将涵盖人类基因组所表达的全部约20000种蛋白质,并且这些数据将免费向科学界公开提供。该数据库和人工智能系统为结构生物学家提供了探究蛋白质三维结构的强大的新工

2021-07-24

Science:利用新型人工智能软件工具RoseTTAFold仅需10分钟就可准确地计算出蛋白质三维结构

2021年7月17日讯/生物谷BIOON/---自从DeepMind在2020年的“结构预测关键评估(Critical Assessment of Structure Prediction)”(CASP14)会议上展示了该领域的显著进展以来,科学家们已经等待了数月,以获得高度准确的蛋白质结构预测的机会。现在等待已经结束。在一项新的研究中,来自美国多个研究机构

2021-07-17

90后吴建平解析精子阳离子通道复合物三维结构

受精是精子和卵子的结合,是孕育新生命的基本的生物学过程。精子阳离子通道(CatSper)是精子运动和生育所必需的。受精过程中的几个关键步骤,包括精子超激活、顶体反应和精卵融合,都受到Ca2+信号的调节。精子特异的阳离子通道CatSper主要定位于成熟精子鞭毛的主体部分,负责受精过程中多种依赖Ca2+的生理反应。CatSper介导的Ca2+信号启动酪氨酸磷酸化

2021-07-12

关于相分离通过调控染色质三维结构重组促进细胞命运转变的研究在Cell Stem Cell发表

真核细胞染色体通常会有序的折叠,在空间上会形成有序的三维结构。这些三维结构由大到小主要分为区室分隔(compartments)、拓扑相关结构域(Topological-Associated Domains,TADs)以及染色质环状结构(loops)等。细胞命运转变过程中往往伴随着染色体三维结构的剧烈变化,而这些变化对于推动细胞命运转变的进行起到重要作用。TA

2021-06-03

研究从染色质三维结构水平揭示籼粳稻耐热性差异机制

  近日,中国农业科学院生物技术研究所作物耐逆性调控与改良创新团队从染色质三维结构上揭示了籼稻和粳稻的高温抗性差异机制,为研究表观遗传调控作物重要农艺性状及提高抗逆性提供了新的研究视角。相关研究成果发表在国际学术期刊《BMC Biology》(BMC生物学)上。据专家介绍,染色质三维结构与基因组功能高度相关。目前少数真核生物中仅报道了环境

2021-04-08