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Science:科学家开发出能帮助理解人类基因转录起始的特殊机器学习模型

研究人员开发了一种名为Puffin的机器学习程序,当分析了数以万计已知的人类启动子数据后,这种新型程序就能确定其由三种类型的序列模式所组成,即基序、启动子和三核苷酸(trinucleotides)。

2024-05-27

Nature子刊:诸颖团队开发空间转录语义注释新算法Pianno

在这项研究中,研究团队展示了Pianno在注释各种形状的解剖结构以及病灶和细胞类型方面的卓越性能,这些数据来自不同的空间技术平台。

2024-04-10

Nature子刊:张翼/王行环团队开发精确测定单细胞年龄的时钟算法

该研究在ClockDML上发现了与有丝分裂相关的,细胞年龄依赖的染色体可及性,是一种良好的细胞年龄标记物,开发了用该标记物来追踪单细胞年龄的计算方法EpiTrace。

2024-05-13

M2巨噬细胞参与幽门螺杆菌感染诱导的二先天淋巴细胞活化

本研究强调M2巨噬细胞有助于幽门螺杆菌感染中ILC2的激活,研究者证明幽门螺杆菌感染可诱导巨噬细胞IDO高表达和M2极化,巨噬细胞随后分泌TSLP并最终激活ILC2。

2024-05-28

Mol Cell | 杜文静课题报道ME2维持CD8+ T细胞的代谢稳态和抗肿瘤免疫力的重要功能

本研究表明,ME2的生理功能是维持CD8+ T细胞新陈代谢所必需的。这些发现共同凸显了 ME2 在 T 细胞生理和病理过程中的重要性。

2024-08-19

Cell子刊:韩敬东团队开发机器学习程序,在单细胞水平识别衰老细胞

该研究开发了一种机器学习程序——SenCID(Senescent Cell Identification),它可以准确地识别bulk转录组和单细胞转录组数据中的衰老细胞。

2024-04-17

Science:新研究追踪癌细胞起源中的基因加倍

在这项新研究中,这些作者仔细观察了数千张单细胞在细胞分裂过程中的图像。他们开发了发光生物传感器来标记名为细胞周期蛋白依赖性激酶(CDK)的细胞酶。

2024-05-21

Nat Methods | 单细胞三维基因与基因表达联合分析:北京大学谢晓亮等团队揭示嗅觉受体选择的动态过程

该研究结果揭示了一个值得注意的模式:在OSN发展过程中,OR增强子的可及性降低,表明只有一部分增强子在成熟的OSN中保持活性。

2024-04-17

Nature Methods | GPT-4在单细胞分析中的突破:高效的细胞类型识别

该研究不仅证实了GPT-4在生物医学领域的应用潜力,同时也为单细胞RNA测序分析中的细胞类型标注提供了一种新的、高效的解决方案。

2024-04-06

Cell Mol Immunol丨吴励课题揭示调控树突状细胞发育与生存的重要机制

该研究首次报告了TRIM33通过促进Irf8表达以支持cDC1发育,同时通过抑制Bcl2l11在所有DC亚群及其前体中的表达,在维持DC的稳态中起到关键作用。

2024-06-14