多层级的图神经网络推动蛋白质功能预测的发展
高通量测序的进展推动了蛋白质序列数量的快速增长。尽管如此,由于实验研究需要较长的周期并且费用昂贵,大部分蛋白质序列缺乏功能注释。因此,具备自动而准确推断蛋白质功能的计算方法变得至关重要。
Cell Systems封面论文:曾坚阳团队提出蛋白质口袋结构表征新方法
具体而言,对于输入的蛋白质结构,首要任务是确定其表面上anchor的位置。这些anchor位置是通过对蛋白质表面潜在结合配体的空间区域进行采样、过滤、聚类等操作后得到的。
肿瘤新纪元:从基因组学向蛋白质组学再次跃进
泛癌症研究的重点是确定不同癌症的分子特征。该研究扩展了之前以基因组学为中心的泛癌症研究,结合蛋白质组学层来阐明癌症驱动因子的六个关键方面
天然产物通过影响组蛋白甲基化/去甲基化来调节表观遗传机制:靶向癌细胞
遗传信息由组蛋白包装在细胞核中,这允许DNA分子在有限的核空间内进行必要的紧凑。组蛋白的八聚体(由两个拷贝的H_2A、H_2B、H_3和H_4组成)构成核小体的核心
研究人员建立定量测定离子束对细胞切片中蛋白质的损伤新方法
较体外纯化的蛋白质,在细胞中处于工作状态的蛋白质机器具有更为完整和生理的构象。因此,在细胞环境中直接对蛋白质机器进行三维结构解析是结构生物学的下一个目标,也是冷冻电镜技术发展的前沿。而利用冷冻电镜研究
研究人员发布蛋白质-纳米材料界面相互作用的结构质谱表征实验手册
近日,中国科学院大连化学物理研究所生物技术研究部生物分子结构表征新方法研究组研究员王方军团队发布了表征蛋白质-纳米材料界面相互作用精细结构的赖氨酸反应性分析-质谱(LRP-MS)实验手册。
Cell子刊:邹鹏团队报道基于荧光成像的蛋白质定向进化方法
由于Faculae方法能够在哺乳动物细胞中高效构建突变体文库,并在显微镜下鉴定细胞表型并快速选择细胞,该方法为进化荧光探针、化学遗传学元件和光遗传学元件等蛋白质工具提供了新思路。
研究发现全新蛋白质修饰类型
细胞代谢为生命过程提供能量。同时,代谢物可共价修饰蛋白质来发挥信号传导功能。虽然许多代谢物在代谢通路中的作用广为人知,但它们介导细胞信号调控的功能有待探索。酮体(包括丙酮、乙酰乙酸和β-羟基
单结构域蛋白质索烃的设计和合成方面取得重要进展
以对蛋白质进行环化、索烃化、打结等拓扑改造为代表的蛋白质拓扑工程是一种重要的调控蛋白质性质的手段。近年来,基于可基因编码的蛋白质缠结基元和反应基元的“组装-反应协同”理念,发展
EMBO Reports封面论文:王磊/刘光慧合作揭示蛋白质氧化折叠在干细胞衰老中的作用
研究团队发现,作为参与蛋白质氧化折叠的关键分子蛋白质二硫键异构酶PDI,在多种人体细胞衰老模型和老年小鼠组织中均表达上调,敲除PDI能够降低蛋白质氧化折叠速率,延缓干细胞的衰老。