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Science:科学家开发出能帮助理解人类基因组中转录起始的特殊机器学习模型

研究人员开发了一种名为Puffin的机器学习程序,当分析了数以万计已知的人类启动子数据后,这种新型程序就能确定其由三种类型的序列模式所组成,即基序、启动子和三核苷酸(trinucleotides)。

2024-05-27

Nature Biotechnology:如何解码非编码区的“基因组暗物质”?

研究人员开发了一种基于多物种比对的新型DNA语言模型——GPN-MSA。

2025-01-08

假根羽藻适应潮间带环境的基因组进化研究获进展

研究为假根羽藻高质量基因组以及藻类基因组高效去污染和组装提供了新策略,拓展了学界对假根羽藻适应潮间带环境的基因组基础的认识。

2025-04-14

研究提出准确识别基因组间直系同源共线性的新方法

中国科学院昆明植物研究所研究员马永鹏团队联合国际、国内科研机构开发了直系同源指数(OI),以度量共线性的直系同源水平,其定义为种间共线性区块内直系同源基因的占比。

2025-05-02

研究解析九倍体木本竹基因组

乌脚绿的组培诱导开花体系以及高质量的参考基因组,为木本竹子的异源多倍体化、属间和种间杂交以及开花机制的研究奠定了基础。

2024-09-14

Nature:破解基因组稳定之谜!卫星DNA如何成为染色体分裂的关键?

卫星DNA(satellite DNA)的研究正在重新定义遗传学的边界。从最初被视为“垃圾DNA”到今天被发现其在染色体分离和基因组稳定性中的核心作用。

2025-01-15

Cell:新研究揭示考拉对考拉逆转录病毒的基因组免疫

逆转录病毒可导致严重疾病,并在塑造人类进化方面发挥了显著作用。

2025-03-17

Science:颠覆传统基因组结构变异研究,Genome-Shuffle-seq的高效生成与精确检测

这项技术通过集成一类名为“Shuffle cassette”的基因组构件,将多个SV诱导事件以高通量的方式集成到细胞群体中,并能利用特定的条形码系统,在不同的细胞内追踪这些变异的发生与影响。

2025-02-05

Cell:转座子——基因组中的“垃圾”如何化身为免疫调控的利器?

IFNAR2-S的出现无疑是基因组进化的一次神来之笔,它不仅丰富了灵长类动物的免疫调控能力,也提醒我们:基因组中的“小插曲”,常常孕育着伟大的生物学创新。

2024-12-22