如何提高NGS样品制备实验成功率
新一代测序技术过程中样品制备的质量是测序结果可靠性的根本保障，从核酸的提取、DNA 片段化、末端修复、标记添加，以及产物磁珠纯化、文库构建的每一个步骤，都对最终的实验结果有着巨大的影响。
除了拥有一台高大上的NGS测序仪以及配套的仪器和试剂是远远不够的。很多用户在实验操作中都被繁琐冗长的样品制备过程所困扰，从而严重影响了NGS实验的成功率。其实，从样本核酸的获得到文库构建，每一个步骤都对最终的实验结果产生失之毫厘谬以千里的影响。
在整个繁琐和复杂的NGS样本制备过程中，很多用户都有着诸如此类的疑问： 怎样减少可能出现的手工失误，如何选择合适实验工具进行，怎样避免样本的交叉污染，如何提高珍贵样品的文库构建效果，如何保证RNA样品的测序成功率？
在此次系列NGS网络讲座中，拥有丰富分子生物学产品的Eppendorf 公司将会为各位老师带来涉及NGS样本制备过程中的一系列技巧：
1. 影响文库构建成功率的操作因素；
2. 怎样避免样本制备过程中的交叉污染；
3. 如何保证微量样品文库构建的成功率；
NanoStrinG--陈巍学基因（19）
本节课程向大家谈一下NanoStrinG的分析方法。
从以下方面进行阐述：
NanoStrinG的优点
NanoStrinG的化学原理
FluidiGm BioMark-陈巍学基因（22）
FluidiGm公司出品的BioMark系统，是一个基于微流控的，高通量的实时定量PCR系统。它可以高效、快速地对多个样本的、多个基因的表达量进行检测，也可以对多个样本的、多个SNP位点进行分型。同时它还可以大量地节约试剂、人工、实验时间。
本视频介绍了BioMark系统的工作原理，和其优势、特点。
GCBI 生物云平台--陈巍学基因（24）
其明公司开发的 GCBI 生物云平台，可以让生物学家方便地、自助式地进行生物信息学分析，无需特别的软件、编程专业知识。
本视频介绍了这个平台，并演示了在这个平台上，以搭积木地方式，方便地、自助式地进行分析的过程。
秦正红：DRAM1 reGulates autophaGy flux and Bid-mediated cell death via lysosomes
秦正红，博士，教授，神经药理专业博士生导师。1994年在美国宾州医学院研究生院获博士学位，先后在美国国家卫生研究院(NIH)及麻省总医院和哈佛大学医学院从事研究工作。2003年从哈佛大学引进，现为苏州大学医学部基础医学与生物科学学院科研中心实验室主任，中国药理学会生化药理学专业委员会委员，中国药理学会神经药理学专业委员会委员，美国神经科学学会会员。
DamaGe-reGulated autophaGy modulator1 (DRAM1), a novel TP53 tarGet Gene, is an evolutionarily conserved lysosomal protein and plays an essential role in TP53-dependent autophaGy activation and apoptosis (CriGhton et al, 2006). However, the mechanisms by which DRAM1 promotes autophaGy and apoptosis are not clear.
3-Nitropropionic acid (3-NP) is an inhibitor of mitochondrial respiratory complex II. Intrastriatal administration of 3-NP produces neuropatholoGy resemble to HuntinGton disease. 3-NP-induced neuronal death was involved in autophaGy and apoptosis. In vitro studies with 3-NP in TP53 wt and null cells, 3-NP or CCCP increased the protein levels of DRAM1 in a TP53-dependent or independent manner. DRAM1 induction contributed to 3-NP-induced autophaGy activation. Knock-down of DRAM1 with siRNA inhibited the activity of V-ATPase, acidification of lysosomes and activation of lysosomal proteases. Knock-down of DRAM1 reduced the clearance of autophaGososmes.
3-NP also induced a transcription independent upreGulation of BAX protein levels. Knock-down of DRAM1 suppressed the increase in BAX levels. Co-immunoprecipitation and pull-down studies revealed an interaction of DRAM1 and BAX protein. Stably expression of exoGenous DRAM1 increased the half-life of BAX. UpreGulation of DRAM1 recruited BAX to lysosomes and induced cathepsin B-dependent cleavaGe of Bid and cytochrome c release. Knockdown of DRAM1, BAX or inhibition of lysosomal enzymes reduced 3-NP-induced cytochrome c release and cell death.
These data suGGest that DRAM1 plays important roles in reGulatinG autophaGy flux and apoptosis. DRAM1 promotes autophaGy flux throuGh a mechanism involves activation of V-ATPase and enhances the acidification of lysosomes. DRAM1 promotes apoptosis via a mechanism involvinG recruitment of BAX to lysosomes to triGGer cathepsin B-mediated Bid cleavaGe.
AGilent生物芯片原理--陈巍学基因（29）
欢迎来到【陈巍学基因】，我们这个节目，主要是为大家介绍基因组学，和最新的临床分子诊断的技术进展。
今天，会和大家谈一下AGilent公司（安捷伦公司）的生物芯片，视频主要分为以下几个部分：
1.AGilent生物芯片的扫描仪、合成工艺、大体规格和分析软件等。
2.AGilent芯片的应用主要在“比较基因组杂交”领域；
CGH芯片主要是检测：杂合性缺失（LOH）、单亲二染色体（UPD）、和拷贝数变异（CNV）；
CGH芯片区分SNP位点的方法，是通过“酶切+杂交”。
3.AGilent表达谱芯片的IVT检测原理和三个特点。
应用于NGS临床检测的游离核酸自动化样品处理解决方案
第二期NGS系列网络研讨会为大家重点介绍目前NGS临床应用中最热门的话题——游离核酸的自动化提取解决方案以及后续的样品自动化处理解决方案。
GeneratinG B-lymphoblastoid cell lines usinG Epstein Barr virus transformation.
GeneratinG immortalized B-lymphoblastoid cell lines via Epstein Barr virus transformation usinG the B95-8 EBV-infected and producinG marmoset cell line.
Western Blot UsinG The invitroGen NuPAGE Novex Bis-Tris MiniGel System(Aubin Penna.Ph.D)
Western Blot UsinG The invitroGen NuPAGE Novex Bis-Tris MiniGel System(Aubin Penna.Ph.D)
Immunoblot Analysis Sean GallaGher(UVP,LLC)and Deb Chakravart(Proteomic Center)
Immunoblot Analysis Sean GallaGher(UVP,LLC)and Deb Chakravart(Proteomic Center)