液体活检系列
——赛默飞世尔完整研究方案
美国政府在今年1月启动了癌症“登月计划”,目标是加快在对抗癌症的进展,近日白宫宣布要联合癌症检测及治疗有关的制药巨头,大力发展癌症血液检测的液体活检,目标是检测和监视癌症。液体活检是一种先进的癌症检测技术,在人类机体中癌细胞将生物标志物释放到不同的体液中(如血液、脑脊髓液、血浆以及尿液)。循环核酸、循环肿瘤细胞(CTC)及外泌体作为液体活检癌症诊断的生物标志物,可以利用体液进行癌症相关的检测。这其中血液样本应用最为广泛,经常用于肺癌、乳腺癌和白血病等疾病的诊断,尿液和脑脊液样本分别被用于前列腺癌和脑癌的诊断。液体活检的检测技术包括ARMS(包括 superARMS)、dPCR(数字PCR,包括 BEAMing)、NGS等。本期将具体介绍赛默飞世尔的完整液体活检研究方案。
Topic1
利用新一代测序检测游离DNA
  •  • 在血液样本中对游离DNA(cfDNA)进行靶向新一代测序(NGS)分析
  •  • 使用 Ion Torrent™ Oncomine™ Lung cfDNA检测试剂盒可检测单核苷酸变异(SNV)热点以及插入或缺失突变(Indel突变),检测下限可达0.1%等位基因突变频率
  •  • 灵活的1至50 ng起始DNA量,可以检测更多样本
  •  • 研究肿瘤异质性并找出主要肿瘤驱动突变和耐药突变,在非小细胞肺癌(NSCLC)样本中靶向测序11个基因内的超过150个SNV热点
  •  • 使用创新的标签测序技术和Ion Torrent Oncomine Knowledgebase Reporter,结合临床研究中的样本特异性突变,只需2天即可完成从血液样本到详细突变数据的完整工作流程,轻松获得关键信息

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Topic2
利用数字PCR检测游离DNA中的稀有突变
在癌症的精准治疗中,肿瘤细胞基因突变的预测和耐药性的监控是治疗过程中的关键。NGS技术具有多基因平行测序的特征,在提高基因突变检测率,进而精准提示用药信息及后续的动态监测提供有效的指导。而针对耐药后的二次活检,高灵敏度的ctDNA检测技术——数字PCR技术可为不错的选择。

ABI 公司出品的QuantStudio 3D数字PCR系统,利用基于TaqMan技术的试剂盒分析检测稀有突变,可以对体液样本中低于千分之一的稀有,进行有效监测,同时可以用于多种突变的同时检测。

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肿瘤突变探针列表
Detection of the TMPRSS2:ERG fusion transcript
Current biomedical research aims at personalized treatments in the future for various cancers, for example,prostate cancer. Prostate-specifi c antigen (PSA) is a well-established biomarker for early detection of prostate cancer...>>查看更多
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Multiplex TaqMan Assays for Rare Mutation Analysis Using Digital PCR
Detection of rare mutations in tumor tissue and cell free DNA (cfDNA) allows for monitoring of tumor progression and regression for research purposes. cfDNA isolated from plasma combined...>>查看更多
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QuantStudio 3D Digital PCR System-Absolutely attainable digital PCR
The Applied Biosystems™ QuantStudio™ 3D Digital PCR System is a simple, affordable, and easy to implement platform, making digital PCR a possibility for any lab. Digital PCR expands the application...>>查看更多
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QuantStudio 3D rare mutation analysis solution
Rare mutation detection has extensive implications for cancer research. The accumulation of mutations in oncogenes or tumor suppressor genes is an important aspect of tumorigenesis. Acquisition of these mutations in a tiny subset of somatic cells....>>查看更多
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QuantStudio 3D Digital PCR System-Application considerations
This Experiment Design Guide provides helpful information and additional guidance for application-specific experiments performed on the Applied Biosystems™ QuantStudio™ 3D Digital PCR System....>>查看更多
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Rare mutation analysis using the QuantStudio 3D Digital PCR System
Rare somatic mutations can be detected using Applied Biosystems™ Custom TaqMan™ SNP Genotyping Assays combined with digital analysis on the Applied Biosystems™ QuantStudio™ 3D Digital PCR System...>>查看更多
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Topic3
利用Sanger毛细管电泳测序验证二代测序
  •  • 在严谨的科学研究中,有必要对从二代测序系统获得的测序数据进行验证
  •  • 通过毛细管电泳法(CE)开展的Sanger测序是对NGS碱基识别结果进行验证的理想正交测试法
  •  • 我们针对NGS数据的CE验证操作开发了一项易用的综合工作流程

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高置信度鉴定随机变异
临床研究实验室可以根据所观察到的表型异质性选择多种方法研究人类遗传疾病。可选的方法包括使用Sanger测序分析单个基因或使用新一代测序(NGS)靶向基因Panel。为了便于使用Sanger测序验证Ion Torrent™ NGS变异,我们在Torrent Suite™ Variant Caller插件...>>查看更多
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利用创新生物信息学工具对基于二代测序技术(NGS)发现的变异进行Sanger测序验证
二代测序(NGS)分析已经彻底改变了我们对于生物过程的理解。在许多基础科学或应用科学研究中,通过比较不同群体研究对象的原始DNA序列而获得了很多的进展...>>查看更多
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Minor Variant Finder在Sanger测序数据中检测低频体细胞突变的全新软件
Minor Variant Finder软件是一款针对使用Sanger测序检测和报告低频突变的需要而开发的新型软件。该软件具有更高的检测灵敏度,确保Sanger测序成为肿瘤学家和病理学家检测低频(5%或更低)体细胞变异的理想选择...>>查看更多
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利用Sanger毛细管电泳测序验证二代测序(NGS)技术发现的新变异
二代测序(NGS)分析已经彻底改变了我们对于生物过程的理解。在许多基础科学或临床领域的研究中,科研人员通过比较不同实验组基因DNA序列之间的差异,获得了许多重大发现。在这些研究中,研究者们尝试在不同实验组之间鉴定出那些在疾病易感性...>>查看更多
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