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浙江大学沃森基因组科学研究院
“基因组科学”（8期/总15期）研习班通知

讲课重点：
    基因组学基础、前沿研究进展、比较基因组学、基因组研究技术及应用。
上机实习课（EST专题）重点介绍：
    基因组数据库的使用、序列数据的聚类和注释、基因识别和功能分类、生物信息学常用软件的应用、基因在核苷酸和蛋白质水平的分析
开班时间：05年12月2-7 日     
    欲知详细课表和培训效果请见沃森研究院网页。网址：http://www.wigs.zju.edu.cn 

课程简介

     随着众多模式生物基因组测序分析项目的完成，基因组研究的迅速发展，对数据的搜集、管理、处理、分析、释读能力的要求迅速提升。基因数据的总量每14个月翻一番。生物学家们将面对海量数据。如何从这些数据中获得自己想要的知识，更好地为自己的科学研究提供信息，这已成为现今生物学家们必不可少的一种技术和手段。为此，我们举办“基因组科学”研习班，让大家更好地学习和交流基因组学的信息，并能实际应用于自己的科学研究中。
    研习班由杨焕明、于军（注：被《科学美国人》评为2002年度世界科学领袖）亲自主讲基因组学课程。由胡松年教授主讲基因组学研究的有关技术。并分别由浙大医学、农学、动物学教授讲授基因组在各自研究中应用。
    上机实习课针对日益增长的互联网上公共数据库中的浩瀚数据海洋，通过基因组生物信息学软件及相关操作的学习，让大家学会怎样有效地利用数据、提炼和挖掘有价值的信息。采用 “跟我学”方式，每人一台PC机，跟着实习指导老师大屏幕的演示进行操作；学习在Windows和Unix/Linux操作系统下如何对EST数据进行系统、全面的分析。

一 讲课主题及主讲人目的： 拓宽科学研究思路

一.    基因组学基础。 讲课人：杨焕明 教授 
题  目：1).基因组学概论 2). 人类基因组计划介绍
二．基因组学与比较基因组学研究思路及动态展望。  讲课人：于  军 教授
题  目：1). 基因组学与系统生物学研究方法介绍  2).基因组的比较与比较基因组学、3). 基因组的比较研究与进化
三.  基因组研究技术。  主讲人：胡松年  教授
             内  容：大规模基因组测序原理与方法、大规模表达序列标签(EST)测定及分析、SNP技术与应用、Si RNA技术、基因芯片等
四.  基因组学在医学、农业、动物科学等研究领域中应用。主讲人：郑  树、薛庆中、张傳溪等教授

《欲需详细课表》请联系陈爱华老师：E-mail：training@genomics.com.cn     

二、上机实习—EST专题目的：学会基因组学的一基本研究方法和手段

实习一. EST序列数据分析平台的构建

重点介绍：1). 个人电脑的基本配置、小型服务器的选购和大型机概况；2). Unix/Linux操作系统及其简单命令简介；3). 以最实用的四个软件为例，阐述在Windows和Unix/Linux操作系统下如何安装EST数据分析所需软件。让你在最短的时间内配置好适合自己的硬件系统、安装好各种数据分析软件并熟悉Unix/Linux操作系统。

实习二：EST信息检索与常用数据库
学习如何从互联网上获取有用信息（包括数据、文献等），并对其进行管理。介绍常用的EST 数据库及其使用方法，从而更好地利用EST信息。

实习三： EST聚类、常见问题及解决方法
学习EST聚类软件phrap, CAP3, TigrAssembler以及Gap4等的用法，并着重介绍了如何在windows操作系统下对EST数据进行聚类。同时，也将对EST聚类中经常出现的问题以及它们的解决方案做出较为系统的讲解。

实习四：EST数据注释
通过EST聚类所得到的非冗余序列，代表了哪些基因，有些什么样的功能？本实习将通过学习基因注释常用工具(blast, interproscan)，掌握EST的功能注释，同时介绍多序列联配工具clustalw。

实习五：EST功能分类及代谢途经分析
学习用Gene Ontology (GO)、KEGG pathway以及cluster of orthologs (COG)等系统对EST进行功能分类和代谢途径的分析。构建功能表达谱，并从整体上了解基因产物的功能、进化与代谢途径，并且比较与其它生物体之间的差异，为更进一步的研究提供指导。

实习六：目标基因 (核苷酸、氨基酸) 的分析及应用
模式生物基因测序分析项目完成和各种数据库及分析方法建立，为生物学家们更快速更有目研究与代谢、细胞分化、发育、疾病等相关重要基因提供了基础。本次实习旨在通过生物信息学工具，全面介绍基因在核苷酸和蛋白质水平上具有的特性以及相应的分析方法，基因的选择性剪切，蛋白质的二级、三级结构，系统发育分析以及进化树的构建等。

三、培训对象

从事生命科学、农学、医学等领域科研工作者和高校教师及研究生。  

四、报名办法：

 若对本期研习内容有兴趣，请将以下报名表回执发E-mail到training@genomics.com.cn或传真至（0571-86971253）。我们将发给您详细教学日程表（每节课时间、讲课主题、讲课人等）。请您确认后，发给您报到通知并排定上机号。 

五、其它事项

培训地点：杭州  浙江大学华家池校区干训楼
收费标准：注册费为￥1800/人（含上机费）, 资料费200元   安排食宿、费用自理。
联 系 人：陈爱华     联系电话：13336100452    传    真：0571-86971253
电子邮件地址：training@genomics.com.cn

                                                        浙江大学沃森基因组科学研究院   
                                                              
                                                                    2005年10月12日                                            

附一：报名回执

姓   名		专 业
工作单位		电话及邮编
职 称		传 真
电子信箱		是否需要安排住宿

 

附二：南京医科大学教授参加14期研习班体会（来信原文选登）：

    我作为理工科出身的科研工作者，1999年开始涉足生物信息学领域。2003年人类基因组计划完成后，生命科学领域每天剧增的海量信息使人目不暇接，故一直希望有机会较系统地学习、了解生物学的最新成果、最新进展和所面临的问题，特别是我国顶级生物学家们的所思所想，以便使自己的研究能适应这些需求和目标。
8月28日~9月2日，由华大基因研究中心和浙大沃森基因组科学研究院联合举办的第十四期研习班给我提供了难得的机遇。在近一周的时间里杨焕明、于军等教授高屋建瓴、总揽全局，把国内外与该中心在基因组前沿领域的最新成果一一展示在我们面前，内容丰富，信息量很大。胡松年教授等则把基因组在各领域的应用发展前景，以及他们所掌握的核心技术、关键工艺如数家珍，一一道来，与大家分享，十分不易。
研习班所安排的上机实验，又使学员们切身感觉到生物信息学（提供的大量工具软件和数据库）对生命科学研究的重大贡献和价值。
研习班日程安排紧凑而有序，每天从早到晚，三个板块时段全部用完，教员和学员们没有一点“喘息”机会，如此办班在全国恐怕很难再找到第二个！陈爱华老师等组织者功不可不没！
在研习期间，于军教授很重视与学员们的讨论，但总的来看机会还是嫌太少。建议今后日程中专门安排半天到一天时间让学员们与杨、于、胡等科学家们面对面、广泛地围绕主题研讨，这样效果可能会更好。是为建议。