DNAssist可不仅仅是对测序结果的。它处理我们平常需要的一些关于DNA，RNA和蛋白质的基本数据，对表达非常有帮助。这里用一个例子来说明它的功能。主要演示①对测序报告（序列比对）；②DNA的物化性质、限制性酶切位点图谱分析；④分析蛋白质的物化性质、抗原性、疏水性。
1. 安装好DNAssist1.0后，从开始/程序中打开这个软件。 
2.打开后的界面如图。 
3. 现在我们来进行一个序列比对（Align）。我常这样对比测序报告；或看某个基因在融合蛋白基因的哪个位置等。这里说对测序结果。建立一个新的DNA序列，即file/new/DNA。然后把预期的DNA序列（如AB-CTB）拷进去。注意！！只能是纯粹的ATGC，而不能有空格和其他字母！！否则不能拷贝进去！这个问题我们实验室来来去去的人不知道问过我多少遍：（ 
4.再同样新建一个DNA序列，把测序结果拷贝进去（自动编为sequence 0）。也要注意同上！！因为测序结果里面有N，必须把这些N去掉，一个不剩，否则拷不过去！如果觉得好长的结果里面才有一个N而舍不得把序列都删掉的话，就把它换成ATGC中的一个就可拷贝了，不过要自己记住呀：） 
5.序列比对。用工具栏Analyze/Align...命令，出现Align sequences 窗口。将这两个序列的名称都点一下，选中，然后单击Align。 
6. 哇！怎么这样啊！这么多没有对上？！再去看测序结果和原来从NCBI上找到的序列对不对......原来是用的反向测序，我们需要用反向互补序列来对结果：） 
7.不怕！将测序结果（sequence 0）全部选中，用Convert/Reverse-complement（反向互补）命令把它换过来。 
8. 然后再进行Analyze/Align...。紫红色部分都是序列相同的。前面是几个是先头几个测序不太准的，不管它。中间有一个C变成了A，是我做的突变。怎么样！感觉不错吧：） 
9. 再说DNAssist其他功能。一个是找开放阅读框（ORF）。用Analyze/Find ORF...命令可以找到阅读框。它从第一个ATG开始找，到遇见一个终止密码子为止。点Find next可以挨个找，点几下就什么都明白了：） 
10.分析DNA物化性质。用Analyze/Properties/Physicochemical命令，出现如下窗口。我们可以知道序列长度为441bp，ATGC各有几个，GC含量37%，单、双链时的分子量，退火温度等。 
11. 酶切位点分析。这可是个十分重要的功能。用Analyze/Restriction mapping命令，出现Restriction enzymes 窗口。这里列举了他们知道的所有酶切位点：）你可以选择其中你知道的所有酶（尤其是可能用到的酶，还是要多些），以免以后的结果中显示了太多的酶切位点而令人目眩。确定。 
12. 这里将结果用两种方法显示。一种是简捷的Graphic Map。一种是详细的Restriction map。后者不但列出酶切位点在双链DNA的哪个位置，还能够列出相邻酶的酶切片段的长度和起止位置，以及出现和没有出现的酶切位点。都可以打印下来。 
13. DNAssist还有个很绝的功能。分析质粒序列时可用Convert/Circularize命令将它环化后分析，就不会漏掉酶切位点了：） 
14. 还可以做简单的蛋白质分析。我们把刚才的那个AB-CTB序列用Convert/DNA→protein命令转化为蛋白质序列。 
15.用Analyze/Properties/Physicochemical命令分析可以知道分子量16kD、氨基酸组成、等电点等物化性质。 
16.还可以用Analyze/Properties/Antigenicity 和Analyze/Properties/Hydrophobicity分析蛋白质的抗原性和疏水性。 
