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GCG软件使用简介

2004-9-20 16:29:00 信息来源:本站原创 
  •   GCG软件使用简介
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GCG软件是一套蛋白质、核酸序列分析软件。它提供了约130个程序。范围涉及:序列motif、关键词、同源性数据库搜索,序列比较,进化分析,序列两级结构分析,限制性酶切图谱,引物设计,序列模式识别,翻译,片段拼接等。现在我们生命院开放使用的是GCG的WWW版本SEQWEB。SEQWEB提供的数据库每二个月更新一次。
研究人员一旦申请了一个用户,就可使用浏览器访问SEQWEB。客户要使用Netscape Version 4.04 或Internet Explorer Version 4.0 以上,并且要求java功能完好。以下分别介绍几个窗口,以此作为初学者的入门。

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一、主窗口

左帧是用于按类找相关的程序;右帧用于详细挑选你要用的程序;下帧用于开启其他的窗口。下帧中的“Introduction”是该软件包的简介;“Sequence Manager”使进入“序列管理、项目管理、分析结果管理”窗口;“Preferences”是用户自身设置(如用户口令);“Support”里包含GCG公司的技术支持的通讯方法;“Help”包含了每一个程序的详细说明。

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二、程序窗口

当你选定了一个程序后,再选择要分析的序列(如aa)及合适的参数,按下“Run” 按钮,程序就开始运行了。序列的分析结果会反送到你当前的浏览器窗口,并保留在远程计算机上你的用户里。在你的分析结果还没有送回期间,此浏览器的窗口不得挪作他用!如你一定要运行另一个程序,则可在此窗口中用“文件---新建---窗口”的方法创建一个新的窗口,在新窗口中运行另一个程序。(2000年底的新版本软件将支持批处理功能)

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三、序列管理、项目管理、分析结果管理窗口

在主窗口中按“Sequence Manager”按钮就进入次窗口。

在序列管理窗口中,有三种方法加入你的序列:PC硬盘上的文件、拷贝--粘贴、数据库。在此窗口的下方,按“SeqWeb”按钮,进入主窗口;按“Project Manager”按钮,进入项目管理窗口;按“Results Manager”按钮,进入分析结果管理窗口。

一个用户可建立多个项目。项目是用于管理你的序列和结果;不同项目的序列和结果互不干涉。同一个项目可被认可的多个用户共用。

分析结果是指计算后的数据和图表。

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四、序列输入窗口

按下图用拷贝--粘贴办法加入序列,序列输入区只能包含“序列、数字、空格、换行”。

本地文件和粘贴上去的蛋白质序列一定要是一字符形式(YHGERWSDGHVC)。

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