| 生化工程类 | |
| brd.zip | 269k 生物反应器（发酵罐）设计软件，鼠标指向哪里，哪里就有提示，主要是设计发酵罐的大小，搅拌器的位置、大小，液体流速密度、气体压强流速，计算应消耗多少电力，输氧效率等因素。谢谢BIOWENG,写出了BRD的中文使用说明，TXT格式。原始网站。 |
| BioStat 4.0a 主程序与客户端程序（版本2.0） | 11M与2M。按原作者的要求，不提供Biostat 4.0的直接下载链接，可以到原始网站注册下载，软件仍保留在光盘中，如果不愿注册，请到生物软件论坛，我把直接下载链接地址放在论坛中。BioStat B发酵罐控制程序，主程序用来收集发酵工艺数据、并采用模糊控制原理控制工艺参数。客户端程序可以使远程操作成为可能。甚至原理上可以从世界上任何一台联网计算机对发酵进行控制。操作手册，1M。PDF格式。谢谢zjubear@163.com，提供BioStat B发酵罐控制程序BioStat 2.1版的中文使用说明，500K，PDF格式。原始网站。 |
| PenSim v2.0 | 7.2M，青霉素发酵模拟软件， 通过改动初始条件和控制参数，模拟出不同的发酵结果。安装有些麻烦，注意查看软件内的README.TXT。原始网站。 |
| BioProSim 4.0 | 1M，发酵实时模拟软件， 关于发酵方面的软件，用作教学很不错。原始网站。 |
| SuperPro Designer 4.9评估版安装文件1，安装文件2 | 分别为2.7M和26M，源自MIT的技术，用来进行计算机辅助设计的软件包，特别用于生物技术、制药、化学工业的工艺设计方面。评估版有使用限制，可以设计两个单元的工艺过程。说明书，3.6M。原始网站。 |
| 以上软件，除特别注明外，均在生物软件光盘1中。 |
| PCR相关 | |
| primer Premier 5.0 DEMO | 2.8M。序列分析与引物设计，非常棒的一个软件。多媒体英文演示程序，6.6M、使用手册，417K。中文使用说明书，460K，PDF格式。原始网站。正式版885美元。 |
| Oligo 6.65 Demo | 2.7M，引物分析著名软件，主要应用于核酸序列引物分析设计软件，同时计算核酸序列的杂交温度（Tm）和理论预测序列二级结构。原始网站。正式版960美元。 |
| Primer D'Signer 1.1 | 600K，免费的引物设计辅助软件，专门用于pASK-IBA和pPR-IBA表达载体，简化引物设计工作。原始网站。 |
| Array Designer 2.03 Demo | 13.4 MB，DNA微阵列（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具。演示程序，8.6M，使用手册，370K，中文使用手册，320K。原始网站。正式版4885美元。 |
| Beacon Designer 2.12 Demo | 16 MB，实时荧光定量PCR分子信标(Molecular beacon )及TaqMan探针设计软件，演示程序，8.9M，使用手册，480K，原始网站。正式版1885美元。 |
| NetPrimer | 120K，JAVA语言写成的免费引物设计软件，用IE打开运行，需要安装JAVA Runtime Environment 1.4，11.7M。下载后，可在本地运行，不需要再到原始网站运行了。原始网站。 |
| PC-Rare | 900K。是一款基于OFD(Octamer Frequency Disparity)法的选择特定PCR引物的免费软件。出自以色列魏茨曼研究所，中文使用手册，PDF格式，400K。程序所需的数据库，940K。原始网站。 |
| DNAWorks 1.1 | 320K。是一个帮助进行基因合成的设计寡核苷酸序列的免费程序。 程序仅需要输入一些简单的信息，比如，目标蛋白的氨基酸序列及合成核酸序列的温度。程序输出的为适合所选择生物表达的优化密码子的核酸序列。利用DNAWorks的帮助，用两步PCR法，可以成功合成长度达到3000碱基对的基因。原始网站。 |
| TGGE-STAR | 300K，DOS软件，PCR结合梯度凝胶电泳实验引物设计软件。PCR结合温度梯度凝胶电泳（TGGE）或变性梯度凝胶电泳（DGGE）是一个快速且敏感的对点突变的筛选方法。电脑辅助设计DGGE的PCR引物和选择合适的梯度是保证筛选成功的重要因素。原始网站。 |
| 在线工具 | |
| The Primer Generator | 在线引物设计程序。 |
| Primer 3 | 比较有名的在线引物设计程序。 |
| E-PCR | 查找DNA序列的STSs(sequence tagged sites序列标签位点）的在线工具软件。 |
| Primo Pro 3.4 | 在线PCR引物设计java系列软件。 |
| Primer Selection | 基于xprimer的在线引物设计软件。 |
| PCR primer selection | 选择引物用来扩增序列的一段精确区域的在线程序。 |
| Web Primer | 斯坦福大学提供的在线引物设计软件。 |
| 以上软件，除特别注明外，均在生物软件光盘5中。 |
