| 蛋白质分析类 | |
| AnthePro 5.0 |
1.9兆，蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 5.0，包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测,包括：进行蛋白序列二级结构预测；在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列；绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线；在Internet或本地蛋白序列数据库中查找类似序列；计算蛋白序列分子量，比重与各蛋白残基百分组成；计算蛋白序列滴定曲线与等电点；选定一个片段后，绘制Helical Wheel图；进行点阵图（Dot Plot）分析；计算信号肽潜在的断裂位点等功能。 分析蛋白序列所需要的Prosite蛋白数据库 1.4兆 与Swiss-Prot蛋白数据库41版，85.7兆左右，压缩格式。下载后，将其放置在ANTHEPROT 5.0同一个目录，便可在本地使用程序的检索功能。 |
| PSAAM | 390 K, 蛋白质序列分析软件包。 原始网址。 |
| VHMPT | 760K，VHMPT（Viewer and editor for Helical Membrane Protein Topologies）是螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件，可以自动生成带有跨膜螺旋的蛋白的示意性2维拓扑结构，并可对拓扑结构进行交互编辑。由台湾生物医学科学研究所的黄明经博士编制。安装Tcl 8.0 (7M)方可运行。原始网站。 |
| aminoXpress 5.02 | 7.8M。是一个多功能蛋白分析软件包，整合了生化学家研究蛋白最基本的运算与分析。主要功能有：Amino Acid Analysis, Building Block Sort, Digestion, Elemental Analysis, Mass Fragmentation, HPLC Retention Pattern, Isotopic Profile, Combinatorial Library, Molecular Weight, Sequence Parameters, Charge-pH Profile。使用手册，700K。aminoXpress的中文使用说明书，400K，PDF格式。原始网站。（原始网站已经不再存在。） |
| WinPep3.01 | 1.5M，分析蛋白序列的工具软件。拥有一些常用的蛋白序列分析功能。原始网站。 |
| MPEx 2.1 | 1.8M，（Membrane Protein Explorer）研究膜蛋白拓扑学结构和其它特性的JAVA软件。软件可以很方便地使用膜蛋白拓扑结构数据库MPtopo,（a database of Membrane Protein topology）。需要JAVA运行环境。原始网站。 |
| Osprey 1.0.1 | 19M，蛋白质相互作用网络可视化系统。是加拿大多伦多大学一个生物信息学研究组开发的，目的在于更好的研究蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction networks)和蛋白质复合物。软件本身和(BIND,GRID)数据库整合，涉及到蛋白质、核酸序列又和GenBank交叉链接。使用手册，2.5M。原始网站. |
| PIN | 7.6M，（protein-protein Interaction Networks）的简称，显示蛋白质交互作用网络和功能注释软件。软件中包括酵母蛋白交互作用数据。软件作者是中科院计算所。原始网站。 |
| InterViewer 3.0 | 820K。显示和分析蛋白交互作用软件，据其网站介绍，运行速度比其他软件快许多。原始网站。 |
| 以上软件，除特别注明外，均在生物软件光盘5中。 |
