| 三维分子类 | |
| RASMOL 2.7.2.1 | 515K 观看生物分子3D微观立体结构的软件,可以旋转,以多个模式观看，并可以存成普通图形文件。非常有名，巨棒！ RasMol 2.6 中文说明10K RasMol使用的简单中文说明,对RasMol的常用操作做了一个说明,肯定会对大家的使用有所帮助。 2.7.2.1英文帮助。115K。RasMol 2.7汉化完全版 316K 包括帮助文件的汉化。 大家急需的PDB文件的检索下载中心。 自己提供蛋白序列,免费提供理论上的三维分子模型PDB文件:Swiss-Model。原始网站。原始网站2。 |
| RasTop 2.0 | 1.9M,为RasMol的图形用户界面软件，免费，简化RASMOL的使用。压缩文件内包括源代码与使用帮助。原始网站。 |
| CHIME 2.6 SP3 | 2.1兆, IE与NetScape浏览器插件,安装后,可以直接用浏览器观看PDB格式的文件,直接在浏览器中观看3D分子。不需RASMOL。软件演示录像，2.9M。原始网站。 |
| MolMol 2k.1 MolMol 2k.1帮助文件 |
418K 与 1.38M 将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件，很漂亮的。只是要学会很麻烦，幸亏有完整的说明和教学文件。两个文件都要才可以用。源程序文件，1M。原始网址。 |
| CrystInfo 1.0 | 626 K CrystInfo 1.0是一个Windows应用程序，用来快速、容易地构建、观察与检查晶体结构。可以使用几个分子展示模式，并且根据内建的光线追踪算法，也可以使绘出的图像带光影效果，如阴影与反射效果。晶体的任何参数可以随意调整，可以改变晶体内单个原子、原子类型与键型，并可以改变晶体自身的空间群体与单位晶格的参数。英文使用手册 823 K。本来想完成手册的翻译，但实在没有时间，希望哪位同仁可以继续完成它，造福后来者。部分中文使用手册，106K,WORD97格式。原始网站。 |
| PDVIEWER | 340 K, 观察三维分子PDB文件的程序。不如RASMOL，但也是一个选择。 原始网址。 |
| Weblab Viewlite 4.2 | 5.1M, 3维分子浏览工具，是分子模拟公司出品的软件Weblab ViewPro的简化版,免费推出， 但功能也十分强大。可读取PDB格式及其他数种格式的分子文件,易于操作,性能不差于RasMol,值得一试。数种格式的分子文件例子,698K,可以看看Viewlite 4.0的威力,真的很棒。 原始网址。 |
| Weblab ViewPro 4.2 Demo | 6.2M, 3维分子浏览工具，是分子模拟公司出品的软件,30天试用版，功能十分强大。可读取PDB格式及其他数种格式的分子文件,易于操作。上面这个软件的完整版。 原始网址。 |
| ICMLite 2.8 | 5.3M, 3维分子浏览工具，是MolSoft公司出品的软件ICM的简化版,免费推出， 但功能十分强大。可读取PDB格式及其他数种格式的分子文件,易于操作,显示的分子图像我认为优于RasMol,值得一试。还可以进行一些计算操作。 原始网址。 |
| VMD 1.72 | 4.8M。用来显示生物分子的微观立体结构，更棒的功能是可以利用内建的功能，做出动画效果。非常酷。程序源代码，3.3M，软件使用手册，PDF格式，990K。原始网址。 |
| CN3D 3.0 | 2.4M。See in 3D的缩写。允许你在线作为客户端可视并交互地观察NCBI Entrez数据库的立体蛋白序列，也可用来离线观察蛋白序列与序列排序。读取MMDB格式文件，不能读取PDB格式文件，但可以输出为PDB格式文件。这是与RASMOL的最大不同。原始网站。 |
| WPDB 2.2 文件1、2、3、4、5 | 共计200余兆。美国国家计算机科学与工程学实验室开发的基于Windows的PDB文件查询与处理分析软件，全套软件下载后，其数据库中，含有6097个蛋白序列的PDB文件，为1997年7月的全部PDB文件。可进行各种检索、序列排队检索、氨基酸特性图分析、3D结构显示、几何学计算（键角、键长等等）等等功能，可以直接调用Rasmol观看3D结构。可以使用WPDBL建立自己的PDB文件数据库。原始网站。 |
| DTMM 4.0 2001.12.21版 | 1.3M。是一个简单易用的3维分子模型显示、编辑与构建程序，可以以各种模式显示3维分子，并能进行编辑。License文件，放在安装目录下才能运行。操作手册，456K。原始网站。 |
| MOLE 1.1.8 Demo | 4.4M。是一个高性能的大分子3维图形显示计算工具，它读取PDB格式文件，非常容易使用，且可以输出到图形，显示形式多样，而且可同时以不同形式显示同一分子。虽然是演示版，但只有少量功能限制，包括输出图形时在图形上显示DEMO字样,一些计算功能限制以及查询到PDB文件后只能到网上下载而不能直接使用（正式版为光盘，PDB文件可直接查询使用）。原始网站。 |
| gopenmol 2.1 | 24.6M。是一个显示并分析分子结构及其特性，计算分子轨道、电子势的软件包，支持多种分子结构格式，包括PDB格式。注意，原软件包中DATA目录下的gopenmol_guirc.tcl文件已损坏，需要单独下载gopenmol_guirc.tcl文件，600K，覆盖原文件。程序运行需要安装TCL软件，7.5M。详细的使用手册，PDF格式或者DOC格式，分别为4.8M和10.7M。原始网站。 |
| POV-Ray 3.5 beta rc5 | 8M。是一个高质量、完全免费创造最棒三维图像的非常有名的工具，用在分子生物学上，便是用它生成高质量的三维大分子图像。见过Science封面上漂亮极的分子图像吗？便是用它与以下软件结合制作出来的。运算POV格式文件，生成三维图形，非常棒。原始网站。 |
| WinMegaPov 0.7 | 700K，是Pov-Ray非官方编译版本，三维渲染效果更好。需要安装Pov-Ray。帮助文件，590K。源代码，800K。原始网站。 |
| Mol2Mol Demo 4.1 | 3M。主要用来进行各种分子文件的转换，支持30种主要分子格式，也可以用来进行3维分子的简单显示。可将PDB格式输出为POV格式后，用POV-RAY进行渲染，生成非常漂亮的三维图形。演示版只支持样板文件与原子数小于20的分子文件格式的转换。不知是否有取巧的办法。原始网站。 |
| MolPOV 2.0.8 | 2.6M。MolPOV是PDB格式至POV格式转化工具，可以将大分子PDB格式文件转化为POV格式，以便用pov-ray进行三维渲染，生成质量非常高的分子三维图形。软件有许多选项，只需设定这些选项，便能生成相应的POV格式文件，直接调用Pov-Ray软件，生成相应的非常高质量的三维图像。原始网站。 |
| PovChem 2.1.1 | 940K。为共享软件，将PDB格式分子文件转化为POV格式，再使用POV-Ray v3.1g进行3D加工。为共享软件，可以使用30天。很有名，几期Science杂志封面是用它制作的。需要OpenGL库。如果没有需要下载opengl库，350K。加入到安装目录中便可。原始网站。 |
| Ortep-3 for Windows Ver. 1.074 | 1.5M。用来生成分子的热椭圆形点图。可结合使用POV-RAY生成漂亮的分子图。图片与动画栏目有12张本软件生成的分子艺术图片。安装时需要密码，可免费向ortep3@chem.gla.ac.uk 发信索取。使用手册，350K。原始网站。 |
| 1.2M和900K。PLATON是通用结晶学软件工具，可以用来进行各种几何学计算、分子内氢键分析、作图等等。支持PDb格式，但许多功能不能用来分析蛋白。若安装过RASMOL与POV-RAY,设置后，可直接调用这两个程序。原始网站。 | |
| Mage 6.02 | 180K，读取并演示Kinemage格式文件的专用软件。Kinemage格式是一种电脑图像交互式演示格式，使用MAGE软件进行查看，整个图像可实时旋转、三维动画演示，部分图像可隐藏和显示。kinemage文件其实是一种文本文件，文件内含有各种信息与命令。网上有许多Kinemage格式文件，常用来进行教学演示。原始网站。 |
| Prekin 6.02 | 120K，将PDB格式文件转换为对应的kinemage格式的专用软件。原始网站。 |
| Swiss-PdbViewer 3.7 | 770K，是一个界面非常友好的应用程序，使用起来比RASMOL方便，用来同时分析几个蛋白PDB文件。可以将几个蛋白叠加起来用来分析结构类似性，比较活性位点或其它有关位点。通过菜单操作与直观的图形，可以很容易获得氢键、角度、原子距离、氨基酸突变等数据。该软件与Swiss-Model服务器（蛋白立体结构构建服务器）紧密关联，可以从软件直接连到Swiss-Model服务器进行理论蛋白立体结构构建。而且，该软件可以调用POV-Ray软件（见上）生成质量非常高的蛋白图像。下载Swiss-PdbViewer Loop Database，2.45M，用于独立构建PDB文件与教学。本软件最新版增加了PROSITE pattern检索功能，需要下载Prosite.dat（17.11版，Prosite的使用手册（45K），说明文件（3M）与原始网站）4.8M，拷贝至usrstuff目录后供程序检索调用。使用手册，740K。原始网站。 |
| DINAMO | 127K。蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具软件。可以根据蛋白序列的与已知结构蛋白的类似性与预测折叠的类似性构建简单三维模型。以Java 语言写成，必须先安装CHIME软件后才能使用，用支持Java的浏览器运行。原始网站。 |
| PCMolecule2 Lite | 500K，为PCMolecule 2.0的简化版，免费推出，用来方便地查看PDB格式文件，可自由设定背景颜色、打光方向，并能根据设定让分子自动旋转。可惜与正式版比较，功能太少。原始网站。 |
| StrukEd Demo | 8.5M，化学分子编辑与三维模型生成软件StrukEd Demo，用来方便的编辑化学分子二级与三级结构，同时可以进行一些简单量子化学与电子结构计算，支持POV-Ray格式输出，可用POV-Ray进行分子三维结构进一步渲染，生成非常漂亮的分子艺术图片。Demo版有一些限制，包括可编辑原子小于10个等等。原始网站。 |
| JMVC 2 | 230K，Java3D Molecular Visualisation System 的缩写，使用JAVA技术编写的三维分子查看器，需要安装Java3D，2.1M，后才能执行，此版本使用浏览器执行，也可到原始网站下载Java源程序。原始网站。 |
| Re_View 1.0 | 813K，为读取及分析XYZ格式三维分子文件的软件，可进行三维分析、做分子动画及几何学分析，还可输出为POV格式文件，进行进一步三维渲染。1.0版本免费推出。部分XYZ格式分子文件（280K）以及用此软件制作的部分三维渲染的分子艺术图片，1.1M，原始网站。 |
| Oscail 9 | 11.7M，用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包，可以显示高质量图片，也可进行三维渲染，还可以进行动画处理。软件包内还包括了粉晶谱（Powder pattern）模拟软件。原始网站。 |
| Moilin | 382K，分子构建与观察软件，是Tinker软件的Windows界面程序。原始网站。Tinker软件如下。 |
| Tinker 3.9 | 19.3M，为DOS下的分子设计建模软件，可使用许多常用参数集，英文使用手册，482K，PDF格式。以上这两个软件，我不大会用，希望有人能写出中文使用手册，造福大家。原始网站。 |
| Biodesigner 0.60 | 2.4M，免费的分子建模与显示软件，支持多种三维分子格式。生成的生物分子图像效果非常好。原始网站上有一些图片可以用作桌面。原始网站。 |
| MoluCAD 1999.04.19版 | 5.7M。是一个全功能的分子建模与显示工具软件。使用者可以快速生成模型，以各种角度观看，生成动画并将数据保存到硬盘。原始网站。 |
| Viewer Activex Control 4.0 | 2.5M。三维分子显示控件，用来在网页中、OFFICE各个软件的文件中，VB、VC应用程序中显示漂亮的三维分子，支持许多标准三维分子格式。原始网站。 |
| MarvinView 2.9.12 | 700K。是一个JAVA语言编写的化学分子2维与3维显示程序，所以放在三维分子栏目，可以与化学绘图中的MarvinSketch 2.9结合使用，程序运行需要JAVA虚拟机程序。原始网站。 |
| ACD/3D Viewer for ISIS 4.5 | 2M，免费的ISIS Draw三维显示插件，需要先安装ISIS Draw（见化学绘图类）。原始网站。 |
| Amira 2.3 Demo | 32M，一个高等三维显示建模系统，功能非常强。不只是显示三维分子，还包括通过获得CT、显微，核磁等数据生成三维图像。评估版为全功能，但每5分钟显示为DEMO版。许可号只有两周内有效，所以大家若安装，需要把系统时间调回2001年9月4日再安装，第一次运行时输入这个许可号pci7kj7h667g。或者自己到原始网站注册后申请许可好。原始网站。 |
| AmiraMol 0.91 | 10M，为Amira 2.3的插件，是显示三维分子的增强工具，必须先安装Amira 2.3 才能使用，解压到Amira 2.3 的安装目录后使用。使用手册，2M。原始网站。 |
| Visualize 1.30 | 8.2M。分子建模和研究软件包，还能进行能量与几何学优化计算等等。源代码，417K。样本文件。3.3M。软件运行需要GAMESS 6.0软件（3.1M）支持，GAMESS软件的ZIP解压密码为4275207，解压至VISUALIZE所处的硬盘某个目录，然后需在Visualize 1.20中的option菜单定义该目录。原始网站。 |
| ScientificGL 1.2 | 2.8M，是一个帮助生物科学软件设计人员的C++ OpenGL API三维分子开发工具，内建功能可以很方便地渲染原子与分子键三维结构，并计算生成表面。原始网站。 |
| Sojourner 1.10 | 94K。是一个DOS下的程序用来找出小蛋白的最小能量构形，同时以矢量图形实时演示。它使用一个基因学算法探测构象空间，计算内部原子的交互能量。原始网站。 |
| PyMOL 0.80 | 3.1M，一个免费且公开源代码的三维分子显示、动画、编辑程序。原始网站。 |
| Qmol 2.0 | 1.1M，含源代码。一个基于OpenGL的三维分子显示软件。原始网站。 |
| 2.3M和650K。RASMOL衍生出的软件，速度快。原始网站。 | |
| WinMGM 2.0b | 2.3M。一个分子图像程序，可显示和处理三维分子，需要安装JAVA虚拟机。原始网站。 |
| 以上软件，除特别注明外，均在生物软件光盘2中。 |
