| 图像处理类 | |
| ImageTool (IT) 3.0 | 4兆。mageTool (IT) 3.0版是一个免费的科学用途的图像处理与分析软件，可以显示、编辑、分析、处理、压缩、打印灰度图形或彩色图形 。可打开超过22中图像格式。在生物领域，它的用途便是各种电泳胶图的分析了。只要有扫描仪，便能利用IT完成胶图的各种处理，包括注释、透光率扫描等工作。英文使用手册，650K。原始网址。 |
| ImageJ 1.26 | 6.8M，包括JAVA运行环境。一个用JAVA语言写成的科学用图像处理软件,可以显示、编辑、分析、处理8位、16位、32位图像。帮助文档，410K，源代码，390K。原始网址。 |
| Cross Checker 2.91 | 4.3 Mb, RFLP, RAPD 与 AFLP基因指纹图分析软件。 相应的ALF (Amersham Pharmacia) 图像格式转换软件ALFmap 1.22。28K。原始网址。 |
| Band Leader 3.0 | 496 K, 凝胶图像处理软件， 为共享软件，而且注册免费。 |
| Scion Image 4.02Beta | 2.2M,是一个优秀的免费图像处理与分析工具。是非常流行的苹果机上的NIH（National Institutes of Health) Image的WINDOWS版，用来显示编辑分析各种图像。 读取格式为 TIFF 与BMP格式,是一个专业图像分析软件，适用与于科学处理，这点从研发单位便可看出。生物学工作者处理图像必备。原始网址。 |
| OSIRIS 4.18 | 3.9M。是一个通用医学图像处理与分析软件。如果你是医生，试试它吧。英文使用手册，770K；中文版使用说明书（由作者杨擎授权本站），600K。原始网站。在生物软件光盘5中。 |
| Melanie 3 Viewer | 4.1M。为免费用来查看使用Melanie3软件获得的凝胶图片与相关数据，也包括一些有限的凝胶数据分析功能。原始网站。 |
| Smart Draw 6.0 Demo | 4.5M,30天全功能演示版，绘制流程图、组织图、科学绘图、表格、平面布置图非常方便。英文使用说明，1.5M，PDF格式。原始网址。 |
| GIMPWin 1.2.3 | 7M。GIMPWin是符合GNU协议的图像处理自由软件，原软件是UNIX版，经人改造为Windows版，可以试试。原始网站。 |
| ChromoZoom 1.1 | 207kb 这个软件是设计用来比较两个图像的相同与不同之处。 |
| bandscan 5.0 Demo | 2.2M，蛋白凝胶电泳图像分析软件30天内30次试用版，功能包括凝胶图像分析、光密度扫描、分子量计算、自动查找条带、杂点去除、电泳迁移校正功能。非常好的一个软件。原始网站。 |
| SigmaScan Pro 5.0 Demo | 12M，是一个有力的图像分析软件30天全功能演示版，进行数字图像的分析处理，可以很容易地将图像进行分析，得出科学结论。注意安装时如果说超期，把时间调回2000年。去除时间限制，参考生物软件论坛。原始网站。 |
| SigmaGel 1.0 Demo | 2.3M。凝胶图像分析软件，30天Demo版。原始网站。 |
| TotalLab 2.0 评估版 | 22M 是一个图像分析软件，对DNA、蛋白凝胶电泳图像、arrays, dot blots与colonies等图像可以进行很方便的处理。应原作者的要求取消直接下载链接，大家如果要下载，请到原始网站。评估版有时间限制。使用手册，500K，PDF格式，原始网站。 |
| LabImage 2.62 评估版 | 876K，德国人编写的一个凝胶图像分析软件，30天免费使用，到期后部分功能有限制。原始网站。 |
| GelDiff 1.0 | 35K。是用来定量比较两个2D凝胶图像的不同之处的JAVA软件，需要先安装JDK后才能运行。原始网站。 |
| Timediff 1.2 | 1.1M。是一个分析蛋白/基因表达图谱时间序列的JAVA软件,需要先安装JAVA JDK才能运行。原始网站。 |
| QuantiScan 2.1 Demo | 1.7M，使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件。Tigermouse用永久汉化软件制做的汉化版，欢迎大家测试。原始网站。 |
| PDQuest 6.2.1 | 11M。30天试用版。是一个分析2维凝胶并生成数据库的标准软件。使用它，可以同时分析100个凝胶图像，生成包含1000个凝胶图像的数据库。使用手册，1.4M。原始网站。 |
| digitizer 3.3 | 1.3 兆 图形数字化软件。可以将曲线图转化为数据与等式。当用仪表做出曲线图后，用扫描仪扫入计算机，存成JPEG格式，便能用此软件处理了。首先确定X轴与Y轴及刻度，再在曲线上确定数个点，便能得到点的横竖坐标并能拟合出X、Y公式，太棒了。 原始网址。 |
| Grafula 3 v2.10 | 1M，Grafula3是一个将图形数字化的软件。软件读取BMP格式的图像，设定坐标，将图形、曲线数字化。可手动、自动、半自动进行曲线的数字化。原始网站。 |
| Graph Digitizer 2.14 | 1.7M， 又是一个将图形转化为数字的软件，共享软件，一个月内使用，支持bmp, jpg, tif，gif格式图形，原始网站。 |
| Peak Explorer 1.01 | 707K。用来自动处理试验图谱图像软件，软件自动定位峰点，计算峰面积，绘制峰基线和左右边界等。原始网站。 |
| 以上软件，除特别注明外，均在生物软件光盘2中。 |
| 序列综合分析 | |
| pcgexe.exe pcgene.r00 pcgene.r01 pcgene.r02 |
分子生物应用软件pcgene共四张（1.44M） rar压缩 pcgene 软件用法： 在C盘根目录下执行pcgene.exe，按提示安装好（一般回答y） 在C:\pcgene目录下执行pcgene.bat group name ：fudan password：19730404 pcgeen的简单说明介绍以及原始网址 注意：pcgene可以在ms-dos5.0 6.0 6.20 6.22下运行 在ms-dos7.x&windows4.0 或者说windows9x的dos下运行修改方法，请点击此处。 由hoyoyo的生化软件下载专区提供。 |
| MACAW 2.05 | 209K 多序列构建与分析软件MACAW 2.05。通过实施基因组计划，得到了大量的蛋白序列与DNA序列数据，但是，在如此多的数据中，了解其相互关系，查找有用的片段是一个非常困难的工作。这样一些片段常常显示类似的分子结构与生物特性。用人工的方法是不可能完成如此大量的比较工作的。运用统计学方法，利用一定的运算规则，使用计算机来查找这些片段是唯一的方法。MACAW 2.05正是这样的一个程序。MACAW-hp.zip MACAW 2.05的中文使用说明。原始网站。 |
| Clustal W 1.8 | 530K 用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较（multiple sequence alignment）的软件。多序列比较在分子生物学中是一个基本方法，用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子 进化分析方面均有很大帮助，Clustal W很适合这些方面的要求。Clustal W的WINDOWS平台窗口式用户界面程序，Clustal X 1.8, 440K。 原始网站，有一个在线使用手 册，在使用过程中有什么问题，可以在此获得帮助。 |
| FASTA 3.4t10d3 | 1.04M。 在Internet上有许多的在线FASTA查找服务，查找某数据库中的同源序列。也可下载后离线使用。将一条序列与另一条序列进行比较或在数据库中查找同源序列并输出。原始网站。 |
| GeneDoc 2.6.02 | 1.4M。 GeneDoc帮助研究人员进行多序列比较，并可以以各种方式标记序列，生成发表质量的输出报告。GeneDoc还能进行相关的分析，让你对研究的序列了解更多。程序源代码（C++语言），1.26M。原始网站。 |
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7.4兆。 在一个庞大的数据库中查找某一个序列的类似序列，没有BLAST的帮助可以说无法想象。目前在Internet网上有许多在线的Blast查找程序，专门用于查找各大数据库中与用户提交的序列类似的序列。分成五个不同的程序，分别为：blastp(提交蛋白质序列，在蛋白质序列数据库中查序列)、blastn(提交核酸序列，在核酸序列数据库中查找同源序列) blastx(提交核酸序列，在蛋白质序列数据库中查找同源序列)、tblastn (提交蛋白质序列，在核酸序列数据库中查找同源序列)、tblastx(提交核酸序列，在核酸序列数据库中查找同源序列)。通常通过在线方式或Email方式提交查询序列，得到查询结果。如果需要在本地使用的话，可以下载BLAST程序与相应数据库，便能在本地使用了。DNA TOOL可以调用此软件，参见DNA分析类。 820K，blast的客户端程序，直接链接至BLAST服务器，使用BLAST服务，不需浏览器。原始网站。 | |
| SeqPup 0.9 | 3.7兆。SeqPup是生物分子序列编辑与分析软件。功能包括多序列比较、单序列编辑、各种序列格式文件读取与将序列输入到不同的序列格式文件、序列整理打印（可加框与阴影，加标记等）、序列编辑、互补序列、DNA翻译到蛋白质序列或蛋白质序列翻译到DNA。它还可以外挂其他分析软件，例如ClustalW等，可自己定义外观应用软件。目前的版本用Java语言写成，需要Java运行环境，在此下载JAVA运行环境。批处理运行文件与WINDOWS外部程序压缩包(clustal, cap, fastdnaml, tacg)原始网站。 |
| K-Estimator 6.0 | 2.7 兆。当对两个核酸序列进行队列比较时，K-Estimator用来评估两者核苷酸替代数（趋异性），包括蛋白编码区与非蛋白编码区。使用Monte Carlo模拟估算可信区间。在分子进化研究中，评估两条核酸序列的被替换核苷酸数量是一个中心课题。精确量化这些数据将直接影响广泛应用于进化基因学的许多实验的可靠性。对蛋白编码区，分为两种情况，一种是核苷酸替换不造成氨基酸改变，称为同义替代（synonymous)，另一种情况为核苷酸替换造成氨基酸改变，称为非同义替代（nonsynonymous)，必须分别评估这种核苷酸替代数量。每个位点同义替代数量用Ks表示，非同义替代数量用Ka表示。对非蛋白编码区，总替代数为K。K-Estimator 便是用来计算K.Ka,Ks及可信区间的应用软件。原始网站。 |
| BioEdit 5.0.9 | 11.5 兆。BioEdit是一个序列编辑器与分析工具软件，功能非常强大，使用十分容易。功能包括：序列编辑、外挂分析程序、RNA分析、寻找特征序列、支持超过20000个序列的多序列文件、基本序列处理功能、质粒图绘制、等等等等。总之，功能强大，人人需要。英文使用手册 1.2M。谢谢jerry(xujz602@sohu.com)和Huang(candycat719@sina.com)辛苦的翻译工作,中文使用手册，PDF格式，4.5M。原始网站。 |
| DAMBE 4.0.75 | 6.6 兆。DAMBE 是香港大学的 Xia Xuhua编制的综合性序列分析工具软件，功能很广，包括格式转换、统计，处理、分析、绘图、进化树分析,处理各种序列数据。原始网址。 |
| DNASTAR(LaserGene 5.01) | 原始网站下载需要申请下载密码，caili的网站提供下载，共14.9 兆。核弹级综合性序列工具软件，功能很广，名气很大。囊括分子生物学领域大多数内容。10天全功能演示版。可惜只有10天。英文使用手册，2M,PDF格式，孙强翻译的中文使用手册，WORD格式，1.8M。原始网址。 |
| SeaView | 294 K。图形化多序列队列编辑器,能够读各种队列格式(MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE),可手动编辑队列。原始网址。 |
| Jalview1.7b | 336K。Jalview为用Java语言写的多序列队列编辑器，需要Java运行环境，在此下载JAVA运行环境。原始网址。 |
| DNASIS 2.5 | 5.3M。综合性低级结构分析软件，包括DNA、RNA、蛋白质，与DOS下的PCGENE、windows下的Omiga属同一类的软件。 英文使用帮助。420K。原始网址。 |
| DNASIS Max Demo 1.0 | 73.7M。为综合序列分析软件，上个软件的升级版，体积一下膨胀了许多。Demo版有时间限制。原始网站。 |
| Genamics Expression 1.1 演示版 | 640K 是一个DNA与蛋白序列分析工具。功能包括，序列绘图、注释、引物设计、ORF预测、特征序列查找各数据库查找对比等，需要安装Microsoft virtual Machine（5.2M）方可运行。一个月全功能演示版，非常棒的一个软件，到期后部分功能仍然能够使用。原始网站。 |
| Vector NTI Viewer 4.0.1 | 548K，虽然只是一个载体查看软件，但其功能易用方便。输入文件格式广泛，除了molecule documents(.gb)是该公司本身文件格式外，还能识别各种数据库应用格式软件：EMBL,GenBank,FASTA,Sequence files. 可以查找特定序列，ORF（可以设置相关参数），描述载体、限制酶位点、一些功能序列和附注。整个界面由文本、图形和序列三部分构成，而且点击任意的序列、RE、基因，图形和序列均会自动标记到相应位置，非常直观方便。 载体可以圆形表示也可以线形表示。 还可进行核酸到蛋白的翻译等功能。使用教程，568K，PDF格式。原始网址。 |
| Jellyfish 2.1 | 9.2M。这只水母不简单，可以用来进行DNA翻译，序列排队比较，限制酶消化，提交序列进行BLAST，研究项目管理等。操作十分简单，只需拖动与点击便可。安装后需要联网注册用户号与密码(免费），然后才能使用。在线帮助，我已经全部下载到光盘，550K。RTF格式的使用手册，210K。谢谢zhouwq提供Jellyfish 1.3的中文使用说明。原始网站。 |
| ProSeq 2.9 beta | 1M。PROcessor of SEQuences的缩写，是一个核酸序列编辑与种群遗传学分析软件，可识别多种格式，并可以多种格式输出。使用手册。220K。原始网站。 |
| Gap4 database viewer 2000.1版 | 5.9M。Gap4基因装配数据库读取显示软件。是著名的UNIX下的DNA分析软件包Staden的一部分，首次推出的Windows版本。用来读取和显示软件包中的Gap4程序生成的基因装配数据库，不能进行编辑，软件内还包括Trev 1.5版的Windows版本，用来读取和显示ABI、ALF、SCF、CTF、ZTR格式的Trace文件。原始网站。 |
| SMS | 222K，为Sequence Manipulation Suite的缩写，是DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具的集合，常用的在线小工具，均包括在内，需要浏览器支持javascript，可以下载解压后离线使用。我提供了一个SMS中文翻译在线版，结果均以HTML文件格式输出。原始网站。 |
| 17.7M。与PCGENE类似的核酸与蛋白序列综合性分析软件30天全功能演示版，提供了关键性的科学分析功能，包括Blast与Entrez数据库查询。软件使用手册、参考手册等，11M。软件所需的VecBank 文件，2.8M。原始网站。 | |
| Staden 2001.0 | 21M的巨型软件，Staden软件包是UNIX系统下的非常有名的综合序列分析工具集，此为最新开发的WINDOWS版。需要安装后运行Gap4程序获得"Host ID"（每次安装均不同），再到授权网页注册获得licence key，才能使用。否则只能分析特定文件。用户手册，2.4M。原始网站。 |
| INCA 0.38 | 203K,是一个Java 脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序，程序输入一个起始序列，链接到BLAST服务器，查找相关序列，可以调整BLAST参数，还能使用部分Entresz功能。需要IE4.0以上才能运行。原始网站。 |
| ISYS v1.33 build #140 | 14.4M，90天免费评估版。NCGR(National Center for Genome Resources) 开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台ISYS，允许各个独立组成部分之间进行复杂的交换数据与交互运行，软件包内的组件包括Sequence Viewer. Similarity Search Launcher. Similarity Search Browser. Table Viewer. ORF-to-gene mapper. ，还可加入maxdView. 与BDGP Gene Ontology Browser，需各自下载后安装，分别为4.5M与1.6M，软件FLASH动画演示，34M。原始网站。 |
| DNAScriptor 1.00 | 11M， 是一个DNA与蛋白序列综合分析软件，它提供了一个脚本语言，就叫作DNAScript，允许使用者通过这个脚本语言对序列按照自己的要求，进行程序分析，3个月试用版。原始网站。 |
| Sequence Quickie-Calc 2.5 DEMO | 2.6M。是一个非常紧凑的分子生物学工具软件，用来简化分子生物学中的许多常规操作与序列处理工作。所有功能以计算器的形式显示再主屏幕上，且均为最常用的功能。已经升级到2.0，但网站提供的2.0版本下载下来无法使用，所以光盘中先提供1.3.1版本。使用手册，480K，PDF格式，软件所需的限制酶数据库，10K。原始网站。 |
| PhyloGrapher（2002.3.15） | 604K。用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件。根据给定的基因，生成定制的图形。 需安装TCL/TK才能运行。原始网站。 |
| BlastDoc | 908K。对BLAST查找结果进行图形化显示软件。原始网站。 |
| 以上软件，除特别注明外，均在生物软件光盘3中。 | |
| 46.9M。综合性蛋白核酸分析工具包，非常有名，具有蛋白核酸序列分析、引物设计分析、序列显示、多序列排队比较、序列装配等多种功能，还具有增强Internet功能，可直接在软件中使用互联网相关网站的生物信息功能。英文使用手册，PDF格式，11.1M。程序所用的相关数据库：Pfam Database for BioAnnotator (Zip, 30MB)和GenomBench demo data set (Zip, 28MB)。DEMO版只能分析给定的数据，可与sales@informaxinc.com联系下载10天全功能试用版。谢谢启动子提供中文使用说明书（未完成）。原始网站。 | |
| Wonderful生物信息学系统2.5试用版 | 10M，试用版只能打开已给定的几条序列例子。是基于生物信息学理论的核酸和蛋白质序列综合分析平台，应用于后基因组时代的基因与蛋白质功能分析及预测、药物靶的筛选、新基因发布提交、PCR引物设计、寡核苷酸分析、酶切位点分析、蛋白质水解位点分析、核酸基序分析、蛋白质结构域分析、质粒绘图、开放阅读框搜索、基因预测和识别、蛋白质功能及二级结构预测、双重及多重序列比对等，是功能基因组学和分子生物学领域必备软件。关键其为中文软件，便于进行客户服务。中文说明书，500K；演示动画，1.2M。原始网站。正式版学术机构用户：人民币1750元整，商业机构用户：人民币11000元整。 |
| 以上软件，除特别注明外，均在生物软件光盘5中。 | |
