| 序列格式转换 | |
| vised11.exe | 243k。Visual Sequence Editor 1.1 序列输入分析和格式转换软件。 |
| ForCon 1.0 | 1 兆。 蛋白质与核酸序列格式并无统一标准，不同的数据库与不同的程序定义了不同的格式文件，可以说是千变万化，令人头痛。因此，序列格式转换程序悄然出现，ForCon 1.0便是一个出色代表。它是一个核酸与蛋白质不同序列格式文件的转换软件，可双向转换各种常 见的多序列格式文件。ForCon 1.0支持连续序列形式与隔行序列形式，也可互相转换。原始网站。中文使用说明，506K，WORD97格式。 |
| SeqVerter 1.581 | 598 K。 SeqVerter是又一个序列格式转换软件，它可以同时打开多个序列文件、查看序列、选择序列的一部分进行格式转换、将来自不同文件的序列并入一个多序列文件以及将序列从一个多序列文件中分成不同单序列文件。中文使用说明，35K，WORD97格式。原始网站。 |
| GeneStudio Pro Public Beta 6 | 2.2M，序列格式显示、编辑与转换工具软件，与上一个软件为同一个公司编制，可以免费使用60天。原始网站。 |
| FASTA/BLAST SCAN v4.1 beta | 280 K。FASTA/BLAST SCAN是一个补充程序，用来对FASTA与BLAST查询输出的文件进行处理，并以Pearson 格式输出序列文件，便于使用其它分析软件分析检索出的序列。是一个很好的小帮手。原始网站。 |
| RevComp 2.4 | 590K，序列格式转换软件，获得DNA序列的互补序列并保存为文本格式。原始网站。 |
| 以上软件，除特别注明外，均在生物软件光盘1中。 | |
| SeqnConverter 1.2 | 1.9M，将不同格式的序列文件转换成FASTA格式软件。由作者郭骁才，郭红霞两位老师授权在生物软件网发布。原始网站。 |
| 进化树分析 | |
| 850K、680K。进行进化树分析。说明文件与C语言原代码，1.1M。它可以分析DNA与蛋白序列， 限制位点等，并可绘制进化树。程序含有许多选项可以精确控制与分析。 原始网址。 | |
| TreeView 1.6.6 | 940 K。 Tree View是用来生成与打印进化树的软件，它可以读取NEXUS与PHYLIP生成的进化树格式文件，生成进化树,并输出到打印机。原始网址。 |
| GeneTree 1.3 | 980K。 GeneTree是用来比较基因与种系进化树的程序。原始网址。 |
| NDE 0.5.0 | 1.2 兆。 NDE是用来编辑NEXUS格式文件的程序，见上TREEVIEW。它只具有编辑功能，并不具有分析功能。原始网址。 |
| TreeMap 1.0 | 122 K。 TreeMap用来可视地比较主、从进化树。原始网址。 |
| Spectrum | 730 K。 Spectrum 用来分析进化信息而不用将之转化为进化树。原始网址。 |
| 进化树软件使用综述 | 227K，word97格式。感谢wangcheng提供。 |
| Phyltools 1.32 | 2M。是Phylogenetic Computer Tools的缩写，是一个与进化树软件Phylip共同使用的软件，用来计算与处理进化树数据的软件，包括RFLP、RAPD与AFLP数据。原始网站。 |
| tree-puzzle 5.0 | 400K。核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具。根据序列数据的最大相似性构建进化树，可对大量数据进行快速分析构建，程序还包含数个统计测试。解压后，有详细使用手册及程序源代码。原始网站。 |
| ATV 1.92 | 1.24M， (A Tree Viewer的缩写，是一个Java语言编写的工具，用来显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件，需要安装Java 1.1以上版本的JAVA虚拟环境才能运行。压缩文件内包括PDF与WORD格式的使用说明。原始网站。 |
| TREECON 1.3b Demo | 1.2M，是一个主要用来构建和绘制进化树的软件包，还可进行序列距离评估计算、文件格式转换等工作。演示版不能打印与存储，只能配合截图工具使用。帮助文件，156K。原始网站。 |
| ProBiosys 1.0 | 620K。主要用来比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件，进而构建进化树。原始网站。 |
| COMPONENT 2.0 | 350K，分析进化树免费软件，源代码，460K。原始网站。 |
| 以上软件，除特别注明外，均在生物软件光盘1中。 | |
| NJplot | 328K。一个小巧的显示进化树的免费软件，可以显示标准进化树文件（例如PHYLIP软件所用格式）的二进制进化树。原始网站。 |
| 以上软件，除特别注明外，均在生物软件光盘4中。 |
| 质粒绘图类 | |
| Plasmid Processor 1.02 | 240K 免费的绘制质粒图软件。原始网站。 |
| Plasmid Processor Pro | 320K 免费的绘制质粒图软件,与Plasmid Processor是同一个作者，既然是Plasmid Processor增强版，功能一定比Plasmid Processor有所增强。这是Alpha版,为99年1月的新版。原始网站。 |
| WinPlas 2.7 Demo | 1.2兆 一种质粒绘图软件商业版的演示版，比较好用，就是不能存盘，不能拷贝，不能打印。解决的办法是绘制好质粒图后，用Print Scrn键复制屏幕，粘贴到画笔选取绘制好的质粒部分，再粘贴到Word，麻烦得很，但也能用。中文使用说明，43K，WORD97格式。原始网站。 |
| DMUP beta | 220 K 质粒绘图软件测试版，可绘制环状质粒，并以BMP格式输出。原始网站。 |
| Plasmid Toolkit 1.4s | 976K，质粒绘制软件，为共享软件，但对学生免费。不论是否有序列信息均可绘制质粒图，支持常见的序列格式（例如GenBank格式）。 |
| pDRAW32 1.1.60 | 2.6M，解压到同一个目录后安装。 pDRAW是又一个非常方便的质粒绘制工具与DNA分析工具。它包括DNA序列输入与分析、限制酶消化分析以及环形与线性DNA图形输出等许多功能。作者将许多选择设计成选项，只须你选择即可，使用非常方便。软件需要的限制酶数据库， 6 K。原始网站。 |
| Redasoft Visual Cloning 2000 Demo | 6.6M，是有名的Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版，主要用于质粒绘图、也有简单限制酶分析、开读框查找、引物设计、序列查找等功能。演示版只能编辑程序自带的DNA序列，正式版价格499美元（学术用户）。原始网站。 |
| SimVector 2.01 Demo | 13.9 MB，质粒图绘制软件，绘制发表质量的质粒图与序列、载体图。演示程序，8.4M，使用手册，300K，DEMO版只能使用给定序列绘制质粒图，正式版价格500美元。原始网站。 |
| CloneMap 2.11 Demo | 560K，质粒作图软件演示版，输出功能被限制，正式版价格195美元（学术用户）。原始网站。 |
| 以上软件，除特别注明外，均在生物软件光盘4中。 |
