
蒋太交:用网络诠释生命体系
在百度搜索“中国科学院生物物理研究所”,你会在首条看到仅仅十个字的注解:从事生命科学基础研究。
走进这里,慌乱的心变得沉静。基础研究,足以将世间所有的光怪陆离和物质浮华屏蔽掉。
正是在这样的环境中,记者看到了蒋太交研究员。远远的看到记者,他便轻快地挥了挥手,脸上洋溢着温暖,老友会面般的亲切,那种搞基础研究的人所特有的宽容和乐观似乎已经渗透入他生活中的每个细节,让一个初识他的外人也能分外感受到。和老科学家不同的是他的年轻,甚至每一根发梢都透露出一股钻研的倔强和精气神儿。
交互网络掌握病毒动向
蒋太交的最新研究成果于11月21日在线发表于GenomeResearch杂志上。他带领的课题组首次提出了利用网络模型来描述流感病毒全基因组共进化的信息,创造性地将每个病毒表示为一个基因组元件相关性网络,建立了模拟流感演化的计算机新模型———网络模型,这一崭新的研究模型引起了GenomeResearch杂志全部三位审稿人的强烈兴趣。
谈起自己的研究对象———流感病毒,蒋太交更像是一个干练的警察,他仿佛摸清了病毒的脾气秉性,他对病毒基因组的进化规律了然于胸,他下一步要做的就是想掌控病毒的分子演化的动向,实施“抓捕”。“不要小看了简单的流感基因组成,它的简单背后蕴含有各式各样难以琢磨的变化,而我们要做的就是要揭示这种复杂的分子机制,才能对流感进行预测和预防。”
蒋太交热爱他研究的领域,从他的讲解中记者深深体会到一种质朴的热爱,采访中,无论谈到什么,他都是以工作结尾。这种近似沉迷的热情没有过多的理由。爱和投入不需要理由。
蒋太交用“大有作为”来形容自己领域的未来。在这个崭新的交叉学科领域里探索,蒋太交能体会到一种冲锋破浪的快感。“我研究流感病毒是一个偶然,2005年禽流感给人们造成威胁,引起中科院的高度重视,我所及时成立了禽流感攻关小组。所领导非常重视计算生物学在其中的作用,我因此成为攻关小组的成员。”
流感病毒的狡猾与善变让他不敢有丝毫懈怠,他很快查阅了有关流感计算生物学方面的研究工作,“我发现计算方法学这部分还不成熟,有很多内容都值得做。另外,传统分析流感演化的计算方法存在一定的局限性,我们需要更好的计算工具发掘流感的演化规律及其分子机理。”
扎实的理论基础让新方法的诞生变得自然而然。“生命体系虽然复杂但非常和谐,那么复杂的生命体系在进化过程中怎样保持协调呢?大自然自有它的办法,那就是共进化。共进化是一个很简单的设想,其中包含的相互作用却错综复杂,所以,传统的针对单个元件或者元件间简单组合的研究已经不足够描述这种相互作用了。我们顺着概念和方法学发展的趋势,自然而然地想到了网络模型。我们发展的算法,就是把相互作用的元件、相互依赖的信息、相互关联的功能通过网络模型挖掘出来。”
心无旁骛要做就目标明确
记得曾经听过这样一句话:做前沿基础研究的人是少数顶尖的人才,而且要耐得住寂寞。
做基础研究要耐得住寂寞似乎已经是一个老生常谈的话题了,人人都知道却不意味着谁都能做到。说来容易做来难,在以“年”甚至是“十年”为一个单位的研究时间单元里,很多人却步了。
蒋太交没有。
1994年,本科毕业于湖南师范大学的蒋太交成为他们学校历史上第一个成功考入中科院上海生化所的人。对于热爱研究的他来说,出国成了顺理成章的事情。
研究要取得新的成绩一定要有敏锐的洞察力并且懂得把握每一个信息。蒋太交的研究经历验证了这一点。
2001年2月12日,六国科学家联合发表人类基因组“工作框架图”。面对纷繁复杂的基因组序列还有它们编译的蛋白质以及相互关联,人的分析能力已经显得渺小和苍白,只能借助计算机的精密和超高速。于是,蒋太交决定去学习计算机。2001年9月至2002年12月,半工半读,蒋太交仅用了一年多一点的时间,就攻下耶鲁大学计算机科学硕士学位。
这是一件超乎常人能力所能完成的事情,然而出乎记者意料的是,蒋太交说起这次学科大跨越觉得并不难。“本科时,我就很喜欢数学,几乎有一半的时间在数学系度过。我在耶鲁从事博士后研究工作时,决定要将生物和计算机结合起来。我当时听了一些关于计算生物学方面的讲座,特别关注这方面的发展,于是决定从事这方面研究的目标就越来越明确。”
“做科学一定要能沉得下心。”在蒋太交的所有研究经历中,这个意念帮助他进行没有前人基础的崭新开
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