我国药品监管的风雨九年
筱萸、邵明立、任德权三人职务不变，鲁惠生、张文周、杨宝祥为党组成员，杨宝祥为中央纪委驻局纪检组组长。
牌子刚挂出不久，“非典”全面来袭。抗“非典”药物研制成为药监系统的一场攻坚战。药监局紧急开辟绿色通道，成立了防治“非典”药物审批专家组，特事特办，加快“非典”的研究。
这一年，高志全的名字响彻全国，成为全体药监人员的楷模。这个工作在山西吕梁地区的基层药监人员，在药品市场专项整治、依法查处中，被一无证药品经营户报复杀害，牺牲时年仅38岁。
2004
药品不良反应监测
一波未平，一波又起。
2004年，一种来源于禽类的H5N1病毒，再次威胁人类———禽流感也考验着医药卫生界。药监局称，要像防“非典”一样，为禽流感药物研制开辟绿色通道。
3月4日，《药品不良反应报告和监测管理办法》发布，我国正式建立药品不良反应监测制度。这一制度，对加强上市药品的不良反应监测、促进新药研究开发和毒副作用严重品种的筛选淘汰，意义重大，至今仍被作为保障药品安全的一项重要制度被加以强调和贯彻。
4月，安徽阜阳农村，13个婴儿的幼小生命，因食用劣质奶粉而结束。这一事件惊动了国务院。温家宝亲自批示，要求彻查。此后，食品药品质量问题频发，心脏起搏器事故、骨科内固定器断裂、人工乳房移位，药品监管积累的问题从这一年开始集体爆发，并在2006年因造成4人死亡的“齐二药”事件和造成11人死亡的欣弗事件披露达到高潮。
2005-2006
仍在进行的反腐风暴
2005年4月29日，中纪委书记吴官正到国家食品药品监督管理局检查工作时称，当前食品药品安全存在一些不容忽视的问题，有的地方和部门搞保护主义，有法不依、执法不严、监管不力，对大案要案要严厉查处。要注意揭露和查处大案要案和恶性事故背后隐藏的腐败问题，重点查处营私舞弊、索贿受贿、玩忽职守、失职渎职等行为，保证食品药品监督管理工作的顺利开展。
6月22日，61岁的郑筱萸被免职，原副局长、卫生部药政局出身的邵明立任正局长———药监局的郑筱萸王朝终结。此后药监系统一系列腐败问题浮出水面。
2005年到2006年，药监系统反腐风暴骤起。2005年7月8日，药监局医疗器械司原司长郝和平被刑拘；10月，中国药学会咨询培训部原主任刘玉辉被立案调查；11月，广州天之骄药物开发公司原总裁张平被刑拘，交待出一批涉嫌行贿受贿的官员及专家名单。
2006年1月12日，国家药监局药品注册司原司长曹文庄被立案调查，化学药品处原处长卢爱英、国家药典委员会原常务副秘书长王国荣一同落马，12月28日，郑筱萸被刑拘。
至今，这一对药监系统产生深远影响的反腐风暴仍在继续。
在一系列腐败案件逐步揭露的过程中，治理一药多名、药品再注册、推行药品企业驻厂监督员制度、全国药品进行飞行检查等措施同时展开，国家药监局着手各项制度和工作的重新梳理，除旧立新。
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