胃溃疡多位于与泌酸区毗邻的胃小弯侧及幽门前区，有时也可发生在小弯上端或贲门，偶见于大弯，亦可位于幽门管。十二指肠溃疡多位于球部，前壁较后壁常见，偶位于球部以下十二指肠乳头以上，称球后溃疡。

溃疡一般为单发，少数可有2个以上，称多发性溃疡，十二指肠前后壁有一对溃疡者，称对吻溃疡。胃和十二指肠同时有溃疡者称为复合性溃疡。

十二指肠溃疡直径一般小于1.0厘米，胃溃疡小于2.5厘米，大于3厘米者，称巨大溃疡。

典型溃疡呈圆形或椭圆形，边缘整齐，急性活动期充血水肿明显，有炎细胞浸润及肉芽形成。溃疡深度不一。浅者仅达粘膜肌层，深者亦可达肌层，溃疡底部洁净，覆有灰白渗出物，溃疡进一步发展，基底部的血管，特别是动脉受侵袭时，可并发出血，甚至大量出血。当溃疡向深层侵袭可穿透浆膜引起穿孔。前壁穿孔引起急性腹膜炎，后壁穿孔多与邻近组织器官先有粘连或穿入邻近脏器如胰、肝、横结肠等，称为穿透性溃疡。溃疡愈合过程中（称愈合期），边缘充血，水肿减轻，上皮细胞再生，溃疡逐渐缩小变浅，溃疡完全愈合，一般需4－8周，最短者2周左右，最长者12周以上。愈合后常留有瘢痕（称瘢痕期），瘢痕区内血管壁增厚或有血栓形成，易于复发。瘢痕收缩或与浆膜及周围组织粘连可引起病变部位畸形及幽门狭窄。