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1。根据序列比对，相似性分析，初步估计蛋白质可能的功能
2。查阅文献，看有否相关研究
3。如果用血清，在未知功能情况下，很难有所作为，建议等初步知道功能后，用血清是验证抉具体作用的
4。比较常用的未知基因分析方法，是从基因水平入手：
将该基因敲除(现在可以考虑RNAi)，看看在功能组、蛋白组、转录组等等有何改变？形态等宏观水平有否改变？
将该基因过表达(转入表达载体，或用小分子特异上调该基因？)，看看是否有回复等等
5。初步确定功能后，再根据是受体、酶、转运蛋白、调控蛋白等等的不同做后续的研究工作
总的来说个人认为前两步是最重要的，先确定、分析一下已知的东西，再考虑下一步
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