新药筛选是新药创新的源头，是新药开发的起点。目前，筛选平台在靶点发现、高通量筛选模型研究及筛选样品库建立等方面都取得了显著进展，一些先进的筛选技术和方法得到了应用，为我国创新药物研究体系奠定了较为坚实的物质基础。 

新靶点的研究取得一定进展。发现了一些针对原发性肝癌、与肿瘤发生相关的信号转导途径、胆固醇代谢调节和动脉粥样硬化症、老年性痴呆症等疾病相关的特异蛋白，为进一步研究奠定了基础。高通筛选模型数量、质量及筛选技术水平明显提高。针对重要疾病的关键靶点，研究建立了83个分子和细胞水平的高通量筛选模型，超过预定指标1倍多，其中包括核受体等我国过去所缺乏的新型靶点。模型的数量和质量较“九五”期间有了明显提高，注重可靠性和新颖性，体现了研究水平的提高，同时也兼顾了医疗和市场需求。这些模型与原有的模型一起，构成了比较完整、配套的筛选模型体系。通过引进和创新相结合，建立和发展了一批新的高通量筛选技术和方法，包括10－XY轴向阵列测试方法、钙离子浓度检测技术、亲近闪烁检测法以及生物芯片技术等10多种新方法、新技术，提高了高通量筛选的速度和准确性。筛选样品库的规模迅速扩大。在天然产物样品方面，共收集了3,000多种药用植物，得到了3,563个植物提取物，从中分离得到64,715个组分或部位；经纯化和结构鉴定，获得了近5,000个纯化合物。在微生物来源的样品方面，采集海洋和陆地的土壤样品1,000多份，从中分离得到小单孢菌等菌株25,000株，制备发酵液42,867份；使得累计保藏的菌株达34,000多株，发酵液样品50,000多份。在合成化合物样品方面，合成了结构新颖的化合物47,000多个。开展了大量的药物筛选工作。针对100多种模型，开展了130多万药次的高通量筛选，发现了一大批具有生物活性的样品。大部分活性化合物正在进行结构优化和深入评价，一些化合物已被确定为先导化合物或候选药物，有的已进入临床前研究，显示出较好的发展前景。在此基础上，申请专利102项（国际专利9项），获得专利授权4项。获国家科技进步二等奖与上海市科技进步一等奖。