对待以蛋白组学技术为基础的生化指标的发现、发展以及研究的态度正从犹豫不决转向兴趣盎然。
作为一名经常出席各类关注生物表记物会议的发言人，美国加州风险企业SurroMed公司研究与发展部的副总裁HowardSchulman博士，一直在密切关注着制药界同仁对于在药物研发过程中生物标记的作用所持态度的变化。
“可以说在三四年前，那些参加这些会议的制药公司代表通常都是仅仅从媒体中听到过关于生物标记物的只言片语，‘要将生物标记物运用到药物研发过程中去’。”那个时候，他们提出的首要问题一般都是：生物标记是什么玩意哪些技术我们可以运用？在过去的两年间，Schulman已经注意到了这些公司在态度上的显著变化。各个制药公司的研究小组都已经形成，有些甚至商业化了一些“生物标记物”，或者说“临床应用”。在相当多的治疗领域，都已经为发现和补充生物标记物的进程制定了相应的战略方阵。他介绍，现在这项工作已经不仅仅是从事蛋白组学研究的家伙们，或者仅仅是在临床治疗领域工作的伙计们能独自承担了，去发现新的生物标记物的工作已经落在具备多学科交叉的研究小组身上了。
而目前以生物标记物为工作重心的研究组们通常都是独立于负责实践新技术手段的研究组的，他们通常被称为“药物基因组学”部门，会有针对性地引进各种蛋白组学、代谢组学、细胞计数以及其他新型的技术手段并对之进行有效的检测。他说：“他们通常并不了解他们手头的技术。随着时间流逝，制药公司都视这一部门为在生物技术全盛期为公司花费数百万美元的组织。”
而这些金钱的投入并没有带来相应的收成，因此，制药公司开始对投资以蛋白组学或代谢组学为基础的技术犹豫不决。“在数年的时间里，我们都面临着对此花费了巨额代价的这样一个事实。因此他们现在都在决策时变得更加谨慎，以避免将注意力引到他们实质上已经处于运转瘫痪状态。”Schulman评价道。
幸运的是，现在制药业终于发展到这样一个阶段，使他们能够开始理智地看待这些技术在分析新的生物标记物上将带来的优势。Schulman谈到：“我认为最终会出现一些具有代表性的例子。”那时，相关的研究小组将获得更大的预算支持从而完善并应用它们获得的生物标记物。
FDA肯定生物标记物
Schulman表示，美国食品药品管理局（FDA）以比过去更加公开的态度表现出其乐意与制药业合作研究生物标记物的意向。在2004年3月发布的报告《革新还是止步不前：在通往新型医药产品的关键道路上的挑战和机遇》中，FDA承认由于新药研发成本不断飙升，虽然新技术不断兴起，新药的申请数却在显著的下降中。为遏制这一趋势，FDA号召开发一些“新型的产品研发工具包，包括强有力大新兴科学技术手段，诸如基于单位或者计算机为基础的可预测性强的模型，兼具生物安全性和高效率的生物标记物，亦即新的临床实验评价的技巧。”
生物标记物在这份报告中占据了极其显著的位置，并且基于药物组学和蛋白组学技术的生物标记物质的发现被引用为一个关键性的机遇。在这份报告中谈到：“这些刚浮现的药物组学以及蛋白组学的技巧带给我们极大的希望，无论在促成生物标记物定位其相应的反应器，还是在作为衡量药物效力的生物标记物上。然而，在使这些技术变得能够得到更广泛和更便捷的应用之前，还需要我们投入更多的研发工作，以及对于生物学、统计学和生物信息学的各种方法的标准化。明确的、有的放矢的工作将更加容易产生结果。”
制药业密切关注
配合FDA这份报告的出炉，FDA同时开放了一个公众摘要以收集从制药工业、科学工作者、患者以及其他一切对此感兴趣的团体对于它的“紧急通道机遇”的平价。在回收的意见中，许多制药公司对于生物标记物相关的主体表现出了高度的兴趣。
惠氏和诺华都高度关注着某些生物标记物的前景。在心血管领域，惠氏支持使用诸如急性C反应蛋白（CRP）和冠状动脉内超声技术等新型的生物标记物以及surrogate标记。诺华关注将生物标记物转变为sur鄄rogate标记。具体而言，该公司关注的是用于糖尿病、肾病研究以及能衡量骨质疏松症和酸相关食道病的生物标记。默克、施贵宝和阿斯利康都向FDA建议，应设立一个能被公认的生物标记物的名单。如默克在它的反馈中说到：“我们建议应建立一套已经确认过的临床试验和临床试验阶段的生物标记物，其中特别应该包括用于在动物模型中研究基因表达的临床试验的生物标记物。这将有助于研究者们将表型与安全性的结果联系起来，并有利于赞助商在研发过程中能够尽早发现可能存在的负面事件。”
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