《规划》的总体目标是：在今后12年内，选择对国家经济、社会发展有重大影响的农业、能源、信息、资源环境、人口与健康、材料等领域的重大科学问题若干重要的科学前沿，组织实施重点基础研究项目，力争有所突破；支持核培养一批优秀的科学研究小组，优化基地建设，加强基础性工作，积极开展国际合作，为基础研究创造良好的发展环境，促进我国基础科学的发展，增强科技储备，提高我国知识创新的能力和水平。

　　项目的管理实行首席科学家负责制，项目经费实行课题制。

1998年国家中医药管理局组织申报了四份建议书。“中医药现代化关键问题的基础研究”项目通过预审进入了初审答辩，但未能通过终审。1999年，又在目前执行的两个攀登计划预选项目的基础上，组织申报了三个项目。其中，“方剂关键科学问题的基础研究”，经过预审、初审、终审，于1999年10月12日正式立项。

“方剂关键科学问题的基础研究——原理、方法、创新”是1999年立项的国家重点基础研究发展规划42个项目之一。该项目是历年来中医药研究方面层次最高、资助强度最大的国家级科研项目，表明了国家对中医药研究的重视，标志着中医药基础研究进入了一个新的里程。该项目的首席科学家是中国中医研究院王永炎院士、王一涛研究员。项目依托单位是中国中医研究院，国家中医药管理为依托部门。到1999年底，1999-2000年项目研究经费已到位。该项目共设8个课题，主要研究骨干60余人，主要参加单位13个。

“方剂关键科学问题的基础研究——原理、方法、创新”的总体目标是：采取病证结合、理法方药统一、认真继承重在创新的整体研究思路，揭示中医方剂对疾病治疗及亚健康状态整合调节基本原理，构建创新中药研究的理论。总体设计以方剂的基本科学问题中三个相互联系的关键环节为主要研究对象，以建立方剂物质分离分析、生物效应评价的关键方法与创新技术为先导，以方剂药效物质作为突破口，方剂的作用原理为研究重点，形成创新中药的理论基础和关键技术体系。

“方剂关键科学问题的基础研究——原理、方法、创新”的5年预期目标是：

1.在方剂关键科学问题的研究领域中取得重大进展，在常用有效方剂作用原理的研究中取得达到国际领先水平的重要成果，初步形成创新中药的理论基础，丰富和发展中医药基础理论，更有效地指导临床医疗和中药生产，提高疗效和产品质量。

2.建立和发展适合于中医药研究和创新中药开发方面具有普遍指导意义和应用价值的关键方法和创新技术；为从根本上改变我国中药产业落后的技术现状，使其成为我国新的经济增长产业，提供理论依据和技术支撑。

3.通过本项目的实施，基本搞清5个不同类型方剂的主要药效物质，基本探明其作用原理；推动2-3个方剂进入国际医药主流市场的进程；为创制1-2个具有自主知识产权，且有良好国际医药市场前景的创新中药打下基础。

4.形成具有国际水平的中医药基础研究基地，培养一支高水平、学术思想活跃、以年富力强的学术带头人和中青年骨干为主体的中医药基础研究队伍，使我国在中药新药创制的基础研究和关键技术等领域处于国际领先水平。