中科院《Nature Genetics》提出蛋白组学方法验证

生物谷

　　来自中科院上海分子生物学国家重点实验室，以及中科院上海生化与细胞研究院蛋白组分析中心等处的研究人员在11月《Nature-Genetics》杂志上的一篇Correspondence比较分析了检测小鼠基因组外显子的蛋白组学和芯片这两种方法，提供了外显子研究方面的大量数据，也为相关的研究人员提供了方法学指导。文章联系人为中科院上海生化所吴家睿。

　　去年Frey, B.J.等人预测了114万小鼠基因组外显子序列，其中155,839个序列是通过外显子芯片方法和GenRate运算法则识别的。在这一基础上，中科院分子生物学实验室等处的研究人员挑选了74,377个多肽进行了蛋白序列和假设外显子的直接比对。并且为了简化这一比较，研究人员筛选了Frey的1,123,691个外显子全部的三种positive-strand结构，从中理论性的翻译了6,949,321个假设多肽——包含至少6个氨基酸。

　　最后研究人员发现以质谱技术为基础的蛋白组学分析方法与以芯片技术为基础的分析方法在检测外显子方面结果基本一致，而且其中的蛋白组学方法可以用于直接检测通过gene-mining运算方法预测的外显子，也被证明了可以成功用于检测高丰度外显子。