现还担任中华预防医学会会长等职的曾毅主要从事的是鼻烟癌与艾滋病的研究。他从1973年开始研究EB病毒与鼻咽癌的关系，最终证明了EB病毒是鼻咽癌的主要病因。他还建立了一系列鼻咽癌的血清学诊断方法，使鼻咽癌病人的早期诊断率从约20％提高到近90％，挽救大批病人生命，这种方法可以在5到10年前预测鼻咽癌发生的可能性。
曾毅从1984年起开展艾滋病毒和艾滋病的研究，证明1982年艾滋病已传入我国，1983年首次感染我国公民。1986年到1987年他在法国国家科学院研究中心作为客座研究员从事艾滋病的研究。近两年，他与爱人一同研制了一种中西结合的药物治疗艾滋病，该药正在治疗河南等地约1000名艾滋病患者，效果明显，价格非常低廉。据悉，这一点最终促使法国医学科学院选定曾毅为该院外籍院士。
法国医学科学院是法国医学政策研究和医学知识普及的权威机构，法国医学界人士视成为该院院士为最高荣誉。不少法国的诺贝尔医学奖获得者均是该院院士。该院聘请的外籍院士都是工作受到各国同行一致肯定的知名学者。
曾毅院士还有着世界卫生组织肿瘤专家顾问组成员等许多知名头衔，对于这些他只是淡淡的一笑，对记者说：“我现在最关心的是怎样能尽快让艾滋病患者病情一天天好转......”
