“生物信息处理专用计算机与算法研究”是由中科院北京基因组研究所和计算技术研究所牵头承担的中国科学院知识创新工程方向项目，历经两年多的攻关已经圆满完成研制任务，于9月6日，由中国科学院生物局和高技术局组织专家进行了验收。
该项目设计开发的“曙光4000H”是面向生物信息处理的应用专用计算机，主要针对基因学算法数据量大、并行度高、运算类型单一、重复性较强等生物信息学的计算特点，通过设计特殊的体系结构和并行算法，研究序列联配等算法的硬件实现技术和研究专用数据处理硬件系统的设计技术来实现的。一方面采用通用CPU加专用FPGA的技术路线，以相对较低的硬件成本达到4万亿次的处理能力。另一方面，针对生物信息学的新问题，综合利用图论、统计分析、机器学习、组合数学等数学领域的理论和方法，设计新的算法，同时完成相应的软件包，使之能在生物专用机上高效运行，为生物信息学的发展做出新的贡献。
验收专家组认为，该项目全面完成了任务书规定的各项指标，培养了一支熟悉生物信息算法分析和软件设计、计算机专用加速硬件技术的跨专业研究开发队伍，研制了生物信息专用计算机，设计开发了一批新的算法和软件，形成了一批具有自主知识产权的核心技术和原型产品。该项目申请并被受理国家发明专利3项、获得授权国家发明专利1项、取得软件登记证书4项，发表SCI、EI收录学术论文32篇。该项目研究目标明确、技术路线正确，成果丰富，组织管理有效、经费使用合理，验收专家组一致同意通过验收。
