建设桥梁的工程师精确地了解各个部件的安装情况和各种力的相互作用，但在制药行业就不是这么回事儿了。
桥梁显然远没有人体复杂，但在制药方面仍然有方法去除一些猜测性的工作。斯坦福大学的教授潘德说，人类能够模拟太空飞船和桥梁，为什么不能模拟我们自己呢？
当然了，这是一项艰巨的任务。随着计算能力的提高，潘德等生命科学研究人员能够模拟越来越多的疾病攻击人体、药物攻击疾病的情况，对于制药行业来说，这是一个好消息，有助于它们降低开发成本，提高开发效率。随着基因研究项目发布的资料越来越多，药物公司也将越来越多的药物实验工作放到虚拟计算环境中进行。
超级计算领域的最新进展是IBM 的“蓝色基因”超级计算机，它每秒能够执行100 多亿次计算，今年晚些时候它的速度还将再次提高。
最新的“超级计算机500 强”排行榜上显示，排在前二位的都是“蓝色基因”，在前十位的系统中有五台都是“蓝色基因”。
IBM 的“蓝色基因”并非偶然，它正在全力成为生命科学产业的硬件供应商。计算能力和生命科学之间关系改进的转折点是破解人类基因的活动。
基因研究产生了海量数据，要深入地研究疾病和设计更便宜、更快、更安全的治疗措施需要更强大的计算能力。IBM 生命科学研究部门的计算生物学家阿杰伊说，这是一个巨大的游戏改变者。
对于顶级研究人员来说，计算能力的巨大飞跃是物有所值的，但是，大多数的药物设计工作并不要求象“蓝色基因”这样的系统。
基因网络科学公司（GNS）利用计算模型帮助药物公司在虚拟病人身上试验药物的疗效、毒副作用。这样的工作需要很强大的计算能力，计算能力越强大，模拟工作进行得就越好。
GNS 最强大的计算机系统是一个苹果服务器网络，它没有足够的资金采购、运行“蓝色基因”。另一家“蓝色基因”客户Quantum Bio 公司也认为使用“蓝色基因”的成本太高。
潘德正在利用超级计算能力对分子生物学的最前沿领域进行探索：蛋白质的形成。他的项目并没有使用“蓝色基因”硬件，而是利用了由 10万台PC组成的网格系统，该网格系统的计算能力要强于“蓝色基因”。
这一项目所需要的计算能力是惊人的：要模拟蛋白质形成过程中十亿分之一秒时间的过程，一台高端PC需要1 天的时间，要模拟1 毫秒的过程则需要2700年的时间。
“蓝色基因”的优势是芯片间更紧密的连接。芯片共享信息和分配负荷的速度越快，就能够完成越复杂的研究工作。阿杰伊表示，“蓝色基因”不仅能模拟药物和生物系统间的相互作用，还能够模拟分子、组织、器官间的相互作用。
