公共化合物数据库计划(PubChem)是美国国立卫生研究院(NIH)的“分子文库计划”(MLI)的组成部分，该数据库是一个免费网站，于去年秋天启动。但据新出版的《科学》杂志报道，美国化学会(ACS) 最近要求美国政府关闭这一数据库，理由是它复制了化学会的付费网站——美国化学文摘服务(CAS)的内容。但政府官员为PubChem辩护，声称这是两个功能不同的网站，它们的存在是互补而不是竞争。但化学会正努力说服国会关闭PubChem，除非政府缩减它的规模。
MLI是NIH改革生物医学研究计划路线图的一个主体部分，旨在促进公共部门对小分子数据库的使用，拓展小分子技术的研究，以便更深入广泛地理解与健康和疾病相关的基因、细胞及有机体的功能。MLI由三个部分组成：分子文库筛选中心网络、公共化合物数据库，以及对化学多样性、化学信息、化验发展、筛选仪器使用和药物的ADMET（“吸收、分布、代谢、排泄与毒性”的缩写）预测技术的开发计划。所有研究手段和结论都将对公众无限制开放。这项计划与NIH的两个基本任务密切相关，即NIH的基础生物医学研究任务——测定人类基因序列组中所有基因的功能和治疗潜力；NIH改善公共健康的任务——加速基础研究成果转化为新的治疗方法的进程。该计划颇为新颖、意义深远，因而成为研究领域中的热点话题。
到目前为止，PubChem拥有65万个化合物的结构和生物学阵列等信息，并与NIH免费的公共生物医学文献数据库 (Pubmed)连接。PubChem的发展目标是涵盖MLI的数据，扫描几千种分子的生物活性。NIH希望基础科学的研究人员能够使用这一数据库来鉴别他们所使用的化合物，以探索基因和细胞的工作机制。
但是，ACS声称PubChem已经超越了一个化学调查数据库的界线，并认为该数据库实际上是CAS的一个小型版本。而CAS拥有1200多名雇员，它为ACS每年3.17亿美元的出版收入做出了重要贡献，ACS的首席执行官Madeleine Jacobs说就在几个星期之前，PubChem看起来还与CAS非常类似，她认为PubChem会挤垮CAS，她要求NIH遵守它的承诺，即只收藏来自MLI和其它由NIH资助的研究数据。
NIH的官员反驳说，PubChem索引了一套生物医学期刊，少部分期刊可能与CAS的索引重叠，但与CAS不同的是，它并不提供有关专利或反应的指导性信息。NIH已经将PubChem与CAS连接，但ACS说这于事无补。
ACS已经获得了CAS所在地俄亥俄州州长以及州国会议员的支持。该议员在3月8日致信健康与人类服务署署长，信中声称PubChem给CAS造成了“直接和不公正的竞争”，并将这一网站与能源部的文献数据库——公共科学数据库PubScience相提并论。2002年，美国国会拨款委员会裁定PubScience侵犯了有关禁止政府复制私营服务器的规则，因此将之关闭。
NIH官员目前所担心的是PubChem会遭到PubScience同样的命运，他们也努力寻求相关国会议员的支持。Jacobs希望NIH遵守诺言，削减PubChem的规模，否则她将“运用我们所有的影响和资源”来应对这件事。
