来源
2003-11-21 15:48:00
蛋白质结构自动分类
本文介绍了一种观看、分析、比较蛋白质结构的方法。本文的方法与现有的RMSD（distance-based coordinate）RMSDd（distance rms deviation）方法截然不同，作者采用了所谓的通过Vassiliev knot invariants产生的30个数字来定义蛋白的拓朴结构。为了展示这种方法的易用性和强大，作者利用SGM（scaled Gauss metric）来度量蛋白形状之间的相似性。在这种测度框架下，蛋白链能够自然的被分近不同的fold类群中去。该方法非常的快速因为它即不要求蛋白链的联配也不要求链与链之间的比较。作者对CATH2.4数据库进行的分析表明该方法正确率非常之高。在正文中，作者对发展新方法的必要性和新方法的优缺点都有阐述。编者认为，尽管该方法未必最优，但是作者提出的发展新方法的思想还是很有道理的，有兴趣的朋友可以看看。
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