Biology Direct：Ka/Ks算法新进展

近日，中国科学院北京基因组研究所基因组科学及信息重点实验室通过引入新的参数构造模型，发展了一个新的ka/ks算法，该研究成果在近期出版的Biology  Direct杂志上发表。比较基因组分析是研究生物进化关系的基本工具，非同义替换率(K

PNAS：细胞周期过程中mRNA分析

弗吉尼亚的生物技术专家和工程学专家建立了一套数学模型，根据这一模型，研究者可以观察细胞在分裂周期中处理信息的模式，其中有多少分子会参与其中。这一有趣的成果发表在最新一期的《美国科学院院报》（PNAS）上。参与研究的有博士后Sandip Kar，电子

BMC Genomics：鲤科鱼类散在重复序列研究新进展

2月19日，BMC Genomics发表了研究论文  “Bead-probe complex capture a couple of SINE and LINE family from genomes of two closely rel

Nature：人猿分离源于大规模基因变异

专题：Nature报道美国科学家2月11日在《自然》杂志上发表论文称，一次目前所知甚少的大规模爆发的基因变异将人从大猩猩中分离出来，也将非洲黑猩猩、大猩猩和猩猩从猴子中分离。华盛顿大学遗传学家埃文·埃什勒和同事发现，大约1000万年前，在大猩猩从其

PLoS One：四膜虫全基因组表达数据的采集和分析

2009年2月10日的《公共科学图书馆·综合》（PLoS One）发表了题为“Microarray Analyses of Gene Expression during the Tetrahymena thermophila Life Cycle”

Science：解码感冒病毒

专题：Science报道据2月13日的《科学》杂志报道说，研究人员构建了一个引起普通感冒的致病原鼻病毒的系谱图。人类鼻病毒外壳结构该系谱图可以帮助药物开发商通过将哪些病毒株作为标靶而找到治疗感冒的方法。 普通感冒长期以来一直是一个很大的谜团，其主要

Nature：灵长类基因组重复片段对比图

专题：Nature报道现在，由于已经有了四种灵长类（猕猴、红猩猩、黑猩猩和人类）的基因组序列，我们便有可能来构建四种灵长类基因组的一个重复片段对比图。这项工作现已完成，所获得的图被用来重建人类基因组所有重复片段的演化史。导致人类和非洲类人猿的先祖分

BMC Plant Biology：超级杂交稻及亲本成熟胚表达谱分析

2008年11月，中科院北京基因组研究所基因组科学及信息重点实验室研究成果——“Transcriptomic profiling of mature embryo from an elite super-hybrid rice LYP9 and i

BMC Bioinformatics：基因组的条形码及其应用

生物的基因组是由A，T，G和C四个核苷酸组成的。科学家已经发现一个基因组不同区域的定长核苷酸串（譬如双核苷酸串有6个，分别为AT，AG，AC，TG，TC和GC）基本一致。最近，佐治亚大学系统生物学实验室的研究科学家周丰丰博士发现，通过将一个基因组不

PLoS Computational Biology：超级计算机探索生化前景 细胞开关类似存储器

生活中到处有开关，早上，闹钟叫你起床、打开咖啡机、启动汽车，如此等等，直到晚上关灯睡觉。不过，科学家们的编目证明，仅是一个活细胞的开关模板数，就远比我们一整天使用的还多。 美国维吉尼亚技术学院计算机科学副教授Naren  Ram

法开发早老性痴呆早期诊断软件

法国国家科研中心最近同法国国家健康与医学研究所合作，开发出一种早老性痴呆症早期诊断软件，为防治早老性痴呆症带来新希望。早老性痴呆症（又称阿尔茨海默氏症）的主要症状是记忆障碍，病情往往会逐渐恶化。由于目前对早老性痴呆症缺乏有效疗法，医学界希望能在其发

BMC Bioinformatics：潜在药物靶标库

生物谷报道：中国科学院上海药物研究所蒋华良与大连理工大学力学系王希诚教授合作，针对寻找药物作用新靶标的需求，带领博士后李洪林和高振霆等，发展了以活性小分子为探针、搜寻潜在结合蛋白质的“反向分子对接”方法，相关结果发表在“Nucl. Acids Re

J. Am. Chem. Soc：网格计算有望揭助科学家示地球生命起源

 据国外媒体报道，近期，在英国国家网格计算(computing grid)平台和美国TeraGrid系统的帮助下，伦敦大学学院(UCL)科学家有望揭示地球早期生命起源之谜。长期以来科学家认为深海热液喷口可以孕育核糖核酸(RNA)和脱氧核糖

计算机辅助药物设计高效低耗

德国研究人员近日发表一份报告声称，利用计算机辅助药物设计正离我们越来越近。无需很久，包括癌症、关节炎、艾滋病在内的众多疾病相关药物将完全产生于计算机，以往所依靠的经验式重复筛选法将被抛弃。报告将发表在3月24日出版的《美国化学会志》（JACS）上。

科学家用计算机诊断老年痴呆症 准确率达96%

伦敦大学科学家最近用计算机扫描出老年痴呆症患者大脑特有的损伤，准确率高达96%。这项发现可以确保患者及早诊断，增加治疗的有利时机。据悉，老年痴呆症是因为构成大脑的斑块和神经原纤维紊乱，导致大脑萎缩。通常使用的诊断方法不仅耗费时间，而且很难和其他类型

Nature Genetics: 快速确认基因功能的基因网络模型被建立

        美国得州大学奥斯汀分校研究人员开发出一种强大的新基因网络模型，可更加容易和快速地确认出控制线虫寿命及其肿瘤发展的致病基因。研究人员期冀通过扩展此项技术，

中美科学家将计算机技术应用于神经网络研究

自稳态调节是生物体或细胞通过调整其生理过程，从而保持体内平衡的一种能力，是细胞和生命体的一个基本功能。清华大学医学院学习与记忆中心教授刘国松和美国哈佛大学及麻省理工学院的同行合作，在一块印刷电路板块构成的网络上，研究了大脑海马区域神经细胞突触联接的

PNAS：两个参数确定果蝇眼睛的数学模型

许多研究人员试图建立一个细胞如何组装形成组织的数学模型，但大多数模型有很多不同的复杂参数，没有一个模型具有普遍性的参数。    现在，美国西北大学的研究人员创造了一个只有两个参数的函数方程，用来表示细胞如何组装形成果蝇

分析量增100倍的新PCR芯片分析系统

生物谷报道：美国匹兹堡大学医学院已经同意检测WaferGen公司的实时PCR系统和与该系统配套的癌症基因分析面板。据悉，这种SmartChip实时PCR系统是一种全基因组基因表达平台，将可能加速基因表达和基因分型的速度并有价格优势。该系统能够在一个

以色列开发亨廷顿氏症计算机模型

    以色列魏兹曼研究院生物化学系沙皮罗教授及其学生卡普兰开发出一种亨廷顿氏症计算机模型。该模型可预测患者的发病时间和病情进展状况，对该病的早期防治将很有帮助。     &nb