全球第一个注释生物模型数据库--BioModels正式启动

生物谷

美国Eurekalert网4月11日报道，全球第一个注释生物模型数据库--BioModels http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ 正式启动。BioModels是欧洲生物信息研究所(EBI)、和SBML Team（作为一个国际性小组，开发针对生物体系描述的开放源标准）共同合作的结晶。同时还得到了美国Keck研究所、日本系统生物学研究所和南非斯坦陵布什大学（Stellenbosch University）的大力支持。

即使最简单的生物体也执行着一系列不同的程序，以复杂的方式互相连接确保生物体对环境变化做出适时反应。人类深入了解这些程序的最佳方法是建立计算机模型。如果某种计算机模型与真正的生物体表现不同的话，就表明我们忽略了该体系的一个重要构成。定量模型还能揭示出复杂体系中曾被忽略的部分，为新的药物治疗铺平道路。这种被称为“计算机系统生物学” （computational systems biology）的方法正日益流行，科学家也正积累各种生物的详细目录表。

EBI的Nicolas解释说：“目前为止，计算机模型建立者们没有固定方法交流生物体系描述，也没有地方可以放置或共享新模型。BioModels数据库的创立就是为了解决这些问题。”

首先就是要制定用来描述生物模型的标准。由SBML开发的系统生物学标记语言（The Systems Biology Markup Language），作为一种开放源计算机语言，正在受到广泛的接受，并得到全世界约75个不同软件系统的支持。生物学家可以选择一种工具来编写模型，然后供他人共享。

加利福尼亚技术研究所的Michael Hucka说：“下一步是建立一个团体性资源，这正是BioModels数据库的目的所在。人们可以通过BioModels来对生物化学和分子生物学体系的定量模型进行发表和评论。这些体系有的很简单，只包含一些程序和反应，而有些则很复杂。模型上的注释可以让使用者准确地确定模型的构成，帮助他们重新得到合适的模型。

Nicolas说：“我们希望能鼓励人们发表新的模型并放在BioModels数据库中，这将确保所有公共领域的模型能有最大的利用价值。”