附录１词汇表
algorithm(算法)：为完成一个特定任务而进行的一系列动作(例如，一些计算步骤)。
browser(浏览器)：用来访问万维网的程序，超文本标识语言(HTML)使得浏览器可以在不同的计算机平台上以相同的方式来显示一个网页。
characters and character states(特性及状态)：在系统发生学中，特性指不同物种之间的同源的特征。这些特征在某个个体上的具体表现称为状态。例如，对于“发色”，可以有“金色”，“红色”，“黄色”等几种状态。在分子生物学中，状态可以是４种核苷酸(A，T，C，G)之一，或２０种氨基酸之一。也有一些作者将“character”定义为状态。
client(客户端)：与远端计算机(服务器)交互的一台计算机或计算机上运行的软件。
descriptor(描述符)：关于一个序列或序列集的信息，它所包含的内容范围取决于其在记录中的位置。对一个序列集定义描述符可以避免在每条记录中重复拷贝冗余的信息。
domain name(域名)：指因特网组织结构的某个层次，用来表示网络主机并对其分类。顶级域名表示站点的类型或主机所在的国家。
download(下载)：将一个文件通过FTP从远端主机传到本地计算机。
e-mail(电子邮件)：指在计算机上编辑并通过因特网在几秒钟之内传送到其他地方的消息。
EST(Espressed sequence tag：表达序列标签)：EST是从mRNA(cDNA)上生成的大量很短的序列(300-500bp)。它们代表了在特定组织或发育阶段表达的基因。它们代表在给定的cDNA文库中的表达标签(有些是编码的，有些不是)。这些记录通常很少有注释，只有文库和生物来源信息。很多数据库中都有这样的记录，包括DDBJ/EMBL/GenBank，dbEST，Unigene(见第二章和第四章)。参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/ 可以获得更多的信息。
FAQ(常见问题)：一个计算机文件，包含了一些常见的问题。确切的说，是一系列编辑好的问题及相应的回答。这有助于新手使用计算机资源，例如邮件列表或新闻组。
feature(特性)：在给定序列中的特定位置出现的注释。
firewall(防火墙)：将公司或组织的内部网络与公共网络隔离开，这样可以防止对私有计算机系统的未授权访问。
FTP(File transfer protocol：文件传输协议)：将文件在主机之间传输的方法。
Gopher：一个文档发布系统，允许检索和显示文本文件。
GSS(Genome survey sequences：基因组综述序列)：DDBJ／EMBL／GenBank中的这个部分与EST很相似，不同之处只在于这些序列是来自于基因组，而不是cDNA(mRNA)。GSS部分包含(但不限于)下列类型的数据：随机的基因组序列片段，cosmid/BAC/YAC末端序列(这些可能但并不必须与染色体有关)，外显子标记的基因组序列，Alu PCR序列。参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbGSS/ 可以获得更多的信息。
GUI(Graphical uer interface：图形用户界面)：指依靠图形和图标来指导用户和应用程序进行交互的前端软件。
heuristic algorithm(启发式算法)：解决不可能和很难获得精确解的问题的一种经济实用的策略。启发式方法并不保证能得到最优的或“真正”的解。
homologous(同源的)：在系统发生学中，同源指不同个体之间由共同的祖先继承而来的相同的特征。在分子生物学中，同源通常简单地指相似性，而不考虑遗传上的联系。
homoplasy(非同源相似，平行演化)：由独立的进化过程而产生的相似性，并不代表共同的系统发生学起源。
host(主机)：在因特网上可以由IP地址唯一定位的计算机。
HTGS/HTG：High-throughput genome sequences：高通量基因组序列(HTG是DDBJ/EMBL/GenBank的HTGS部分)。世界上许多测序中心正在对人类及其它高等真核生物基因组进行大规模测序工作。一般认为将这些测序工作的中间结果放在数据库中一个单独的部分比较好，因为通常这些未完成的记录中存在许多空缺，准确性比较低，而且缺少注释，还达不到DDBJ/EMBL/GenBank记录所要求的标准。参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/HTGS/ 可以获得更多的信息。
HTML(Hypertext markup language：超文本标识语言)：专门描述万维网文档的基于文本的标准语言。HTML文件由浏览器来解释和执行。
hyperlink(超级链接)：万维网文档中可以用鼠标选中的文字或图形。不论在任何地方，点击一个超级链接可以使用户转移到同一页面的不同部分或另一个页面。
hypertext(超级文本)：在万维网页面中用不同的颜色或下划线来区分，并且可以作为超级链接使用的文字。
indel(插入或删除的缩略语)：在多重序列比对中，指那些未确定是由于插入还是删除而造成的序列长度变化的部分。
Internet(因特网)：一个将计算机互相连接的网络系统，用于在主机之间传送文件和消息。
IP address(IP地址)：因特网上唯一标识计算机主机的数字地址。
intranet(内部网)：一个企业或组织的内部计算机网络。内部网通常不与因特网相连，或在防火墙保护下与因特网相连。
Java：由SUN公司开发的一种编程语言，允许小的应用程序(applets)在不同的计算机上运行。Java applets通常在用户点击网页的超级链接时被调用。
LAN(Local area network：局域网)：连接小范围(例如几间办公室或一组建筑之内)的计算机网络。
molecular clock(分子钟)：一种假说，认为在进化过程中核苷酸或氨基酸序列以大致固定的速率发生替换。这样，给定标准时间和分子钟，序列的差异度就可以用来计算分子突变发生的时间。
mutation studies(突变分析)：在Sequin中，对同一物种甚至同一个体的相同基因的序列集进行分析，以分离和确定几种突变体。
orthologs/orthologous(直向同源)：共同祖先的直接后代(没有发生基因复制事件)之间的同源基因称为直向同源。参见“homologous”和“paralogs”。
PAM matrix：PAM(percent accepted mutation：默认突变几率)和BLOSUM(blocks substitution matrix：大块替换矩阵)是定义２１０种可能的氨基酸替换分数的矩阵。这些分数是通过对数据库中的序列进行比对，计算其替换频率而经验性地获得的，它通常反应了一定的物理化学性质。例如，亮氨酸和异亮氨酸具有相似的亲水性和大小，它们之间的替换分数就比亮氨酸与谷氨酸之间的替换分数要高。
paralogs/paralogous(共生同源)：两个物种A和B的同源基因，分别是共同祖先基因组中由复制事件而产生的不同拷贝的后代，这被称为共生同源基因。参见“homologous”和“orthologs”。
phylogenetic studies(系统发生研究)：在Sequin中，指不同物种之间个体的一组相同的基因，假设这些个体不能相互杂交。Sequin不允许输入一个单独的生物名称，除非此生物已在Definition行中编码。实际上，它代表了设定正确的遗传编码的控制方式。
platform(平台)：恰当地说，操作系统在计算机上运行应用软件(例如UNIX或Windows95)。而平台通常指计算机的类型，例如Macintosh或者PC兼容机。
population studies(种群研究)：在Sequin中，指同一种群内个体间相同基因的一个序列集，假设这些个体可以相互杂交。Sequin允许输入单独的生物名称，但为了程序正确运行，还必须为每个序列提供一些用以区分序列来源的信息，例如“strain”，“clone”或者“isolate”。
protein name(蛋白质名称)：在序列记录中，表明蛋白质特征的域。
protein description(蛋白质描述)：在序列记录中，当蛋白质名称未知时就必须使用蛋白质描述。
server(服务器)：一台处理远端客户机发来的请求的计算机。
site(位点)：在氨基酸或核苷酸序列比对中的一列残基。在同一位点上的残基被认为是同源的。
spam：向新闻组或者大量电子邮件用户发送与他们无关的或者根本不感兴趣的邮件广播。类似于发送垃圾邮件。
STS(Sequenced tagged site：测序标签位点)：在实验过程中，STS是可作为PCR引物对的单拷贝序列，用以在作图过程中在基因组上标定一个单独的位置。数据库中的这个部分也包含了不同的STS位点，这有利于将STS与数据库中其他部分的数据进行比较，找到未知序列与已知基因的联系。参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/ 可以获得更多的信息。
Telnet：一种因特网协议或应用程序，可以让用户连接并使用远端的计算机，就好象他物理上在直接操作这台计算机硬件一样。
URL(Uniform resource locator：统一资源定位符)：在使用因特网浏览器时，URL表示正在访问的站点类型(FTP，Gopher或Web)，以及这个站点的位置。参阅表1.2。
user(用户)：指正在使用客户机-服务器或者其他类型软件的这个人。
World Wide Web(万维网)：一个文档发布系统，可以处理各种非文字的介质。
