由于担心转基因农作物产品对环境造成危害，并最终影响对欧洲的出口数量，目前非洲绝大多数国家依然无意种植转基因农作物。然而，南非在种植转基因玉米和棉花种植方面却“敢为天下先”，转基因农作物已经逐渐在南非扎下根来。自1997年南非引进转基因农作物以来，其种植面积和产量不断增加，目前转基因农作物的产量已经占全部农作物产量的20％至30％。
赞成派认为，转基因农作物具有抗虫害和抗干旱的特点，是对付非洲频繁发生的饥荒的一种有效方法；反对种植转基因农作物的人士认为，提高农作物的产量并不是对付饥荒问题的关键。因为目前全球已经有能力生产足够的粮食，来满足每一个人的基本食品需求。而土地管理问题、贫穷和冲突则是在全球部分地区造成饥荒的主要原因。
美国孟山都生物技术公司在南部非洲地区的主管库巴斯•林德奎说：“南非农场主种植转基因农作物的热情非常高。自从转基因农作物被引进南非以来，每一家经营转基因农作物种子公司的销售情况都很好，全部种子都被销售一空。”
目前，其他一些非洲国家例如肯尼亚、尼日利亚和坦桑尼亚等国也正在寻求制定新的法律，允许种植转基因农作物，但其他绝大多数非洲国家则禁止或者严格控制进口转基因农作物产品。这种状况对国际食品援助行动带来了很大麻烦。
转基因棉花的产量增加量确实诱人。孟山都公司指出，南非农场主种植的转基因棉花产量，比常规棉花品种的产量多出50％到70％。分析人士指出，西非地区的若干个产棉国不久将很有可能同意种植转基因作物棉花。有的国家已经批准进行转基因农作物种植试验，有的正在设法这样做。业内人士指出，肯尼亚和尼日利亚目前也正在积极寻求在这方面做出适当的变化。
像孟山都这样的公司都非常注重于保护自己的知识产权。该公司指出，它将不会向那些没有颁布生物安全法律的国家出售转基因农作物种子。但就目前的情况来看，南部非洲的大部分国家要颁布这类法律为时尚早。
由于担心转基因农产品对人体健康带来负面影响，赞比亚2002年颁布法律禁止进口这类产品，在这种情况下，联合国的世界食品项目机构（WFP）被迫转移储藏在该国的转基因农产品。当时，该机构正在设法应对干旱所造成的饥荒，向该地区1400万人提供食品援助。
联合国食品援助工作者指出，南非的邻国如马拉维、莱索托、安哥拉、赞比亚等仍然面临严重的食品紧缺，这些国家仅允许经碾磨的转基因玉米产品进入国内，却禁止进口未加工的转基因玉米。
由于欧盟要求必须在转基因食品上贴注标签，一些国家进而担心食品污染会波及其农产品的贸易。贸易人士认为，由于南非使用了转基因玉米种子，其玉米产量有很大增加，除了能够满足本国的玉米需求外，每年仍然剩余300万吨转基因玉米。而大多数非洲国家对转基因农作物的态度，使南非在处理这些玉米时面临的困难越来越大。
WFP发言人理查德•李指出，WFP所担心的是，由于转基因农作物在南非非常普及，非洲地区一旦再次发生类似于2002年至2003年那样的饥荒，如何进行有效的援助工作将成为一个头疼的问题。“但令我们感到幸运的是，南非依然有大部分非转基因玉米。”
