生物学家已在动植物中发现了数百个另一种天然短链调控RNA，称为microRNA。同siRNA一样，microRNA也是通过类似甚至完全一样的RISC分子影响基因表达的。然而，动物的microRNA是在蛋白质生产的另一个不同阶段靶向信使RNA的。虽然研究人员已经确定了这些microRNA的序列，但对于揭开它们的功能－－即它们分别破坏哪种蛋白以及这些蛋白有什么作用，进展却十分缓慢，尚未找到有效的研究工具。目前只有4种动物的microRNA功能被破译，尽管该领域是一大热点。
为确定siRNAs 和 microRNAs的功能，Gyorgy Hutvagner和他的同事开发出一个由短链2’-O-methyl寡核苷酸组成的系统，这些寡核苷酸序列与靶siRNA 或 microRNA对应，能与之结合并抑制其功能，这样研究人员就可以对RNA干扰背后的机制有空前的了解。Hutvagner和他的同事根据一个叫做let-7的microRNA构建了一个寡核苷酸抑制因子，let-阻断Lin-41蛋白的生产，对于线虫的正常发育时间选择十分重要。导入这种寡核苷酸的线虫出现let-7缺失线虫的典型特点，说明该抑制因子确实阻断了这个的功能。而且，文章作者还用这种寡核苷酸找到证据证明两种早先认为与let-7有关的蛋白，与其干扰活动直接相关。
应用这种技术，科学家可以快速探查数百个microRNA的生物学功能，以及它们的附件RISC蛋白，甚至探查它们所破坏的基因和蛋白。不仅如此，查明RISC生产是否饱和对于利用RNA干扰来揭示序列已知但功能未知的基因的功能具有重要意义；了解所需siRNA的最小量，研究人员就能避免siRNA的急剧及其伴随的任何不需要的细胞活动。
