在前基因组时代，细菌被认为是被大大改进（streamlined）了的细胞，它们的基因组被认为只包含很少的冗余信息（redundant information）。但是当细菌的基因组被一个一个得测序之后，人们奇怪的发现，细菌基因组中包含大量的基因家族。
在进化的过程中基因家族的大小在不断变化着，它会扩增或缩小，但是，影响它变化的因素却一直不清楚。研究发现，基因家族的大小是与基因组的大小成正比的，例如，在具有中等基因组大小的大肠杆菌中，基因家族占整个基因组基因的30％，而在大基因组链霉菌中，基因家族占整个基因组基因的50％，最大的基因家族包含85个基因。
基因家族是怎样产生的呢？它可能是通过基因加倍（duplication）或者基因水平转移(horizontal gene transfer, HGT)产生的，在真核生物中，基因家族被认为主要是由基因加倍产生的，在原核生物中，还不清楚，这个两者各自影响基因组进化的程度。通过这篇文章的分析，作者认为，基因家族多半是垂直传递的。
参考文献：
Ravindra Pushker, Alex Mira and Francisco Rodríguez-Valera
Comparative genomics of gene-family size in closely related bacteria.
Genome Biology 2004, 5:R27
http://genomebiology.com/2004/5/4/R27/?mkt=9224
