现代研究表明，大于99％的微生物都是不能被纯培养的，也就是说，我们过去对微生物世界的认识基本上都集中在不到1％的微生物中。认识真正环境中的不能培养的微生物主体成为环境基因组学的重要课题。
过去人们通过对环境样品的PCR分析，可以研究环境中微生物的核糖体RNA的某些信息，这可以帮助我们认识微生物的系统分类体系。但是，要想全面认识环境中微生物的生理生化以及生态功能，单单靠这个显然是不够的。环境基因组（Microbial ecogenomics (also called environmental genomics or metagenomics)），通过对环境中不能培养的微生物的基因组直接进行鉴定分析，或许可以让我们更多的了解这些“被遗忘的大多数”的生理生化以及生态功能。
环境基因组的具体的方法是直接对环境样品构建BAC或fosmid文库，本文着重从方法上介绍了环境基因组学的一些研究进展。
参考文献：
Oded Béjà.
To BAC or not to BAC: marine ecogenomics
Current Opinion in Biotechnology, (April 01, 2004), 10.1016/S0958-1669(04)00047-3
http://gateways.bmn.com/biotechnology/article?pii=S0958166904000473&review=y
