赤潮对水产养殖业的危害，只是人们从经济角度感受到的赤潮对海洋生物产生危害的一个方面，水产养殖的鱼、贝、虾、蟹只是海洋生态系统中的一部分。事实上，每次赤潮的发生，毫无疑问都会程度不同地破坏海洋环境，赤潮对海洋环境破坏主要表现在以下几个方面。
（1）影响水体的酸碱度和光照度。大部分赤潮是由藻类的暴发性增殖或聚集形成，大量的藻类在光合作用过程中，势必消耗水体中大量的CO2，水体中的酸碱度随之发生较大的变化。一般而言，海水中的pH值通常在8.0~8.2之间，而赤潮时的pH值可达8.5以上，有的pH值甚至可达9.3，水体酸碱度的变化，必然会影响生活在该水体中各类海洋生物的生理活动，导致生物种群结构的改变。同样地，赤潮区的水面由于漂浮着厚厚一层的赤潮生物，阻挡了阳光到达水体的深度，降低了不体的透明度，导致生长于水体深层的水草、造礁珊瑚及生活于水草中的海洋动物大量死亡，底层生物量锐减。
（2）竞争性消耗水体中的营养物质，并分泌一些抑制其他生物生长的物质，造成水体中生物量增加，但种类数量减少。现场调查发现，赤潮期尽管水体生物量很高，但种类少，每次赤潮通常仅为一至两种生物形成，水体中其他种类生物数量很低，这主要是生物间营养竞争及种类间相互排斥的结果。
（3）许多赤潮生物含有毒素，该毒素可使海洋动物生理失调或死亡，许多海鸟、海狮、海鲸均可因赤潮生物毒素的积累和食物链传递作用而中毒死亡或生长繁殖受到影响。
（4）部分以胶着状群体生活的赤潮藻，可使海洋动物呼吸和滤食活动受损，导致大量的海洋动物机械性窒息死亡。
（5）处在消失期的赤潮大量死亡分解，水体中溶解氧大量被消耗；同时在缺氧条件下，分解的赤潮生物产生大量有害气体，在这种情况下，海洋生态系统有可能受到严重危害。见图4－2。
总之，赤潮对海洋生态系统的危害是多方面的。我们时常会看到这种现象，在封闭的富营养化水体，其生态系统十分简单，赤潮发生频繁，水体物种稀少，经常严重缺氧，恶臭难闻，引起人们对海洋生态环境极大的关注。
