| A resource for large-scale RNA-interference-based screens in mammals PATRICK J. PADDISON1,*, JOSE M. SILVA1,*, DOUGLAS S. CONKLIN1,*,?, MIKE SCHLABACH2,?, MAMIE LI2, SHOLA ARULEBA1, VIVEKANAND BALIJA1, ANDY O'SHAUGHNESSY1, LIDIA GNOJ1, KIM SCOBIE1, KENNETH CHANG1, THOMAS WESTBROOK2,?, MICHELE CLEARY3, RAVI SACHIDANANDAM1, W. RICHARD MCCOMBIE1, STEPHEN J. ELLEDGE2,? & GREGORY J. HANNON1 1 Cold Spring Harbor Laboratory, Watson School of Biological Sciences, 1 Bungtown Road, Cold Spring Harbor, New York 11724, USA 2 Department of Biochemistry, Howard Hughes Medical Institute, Baylor College of Medicine, One Baylor Plaza, Houston, Texas 77030, USA 3 Rosetta Inpharmatics, 12040 115th Avenue NE, Kirkland, Washington 98034, USA * These authors contributed equally to this work ? Present addresses: Department of Biomedical Sciences, Center for Functional Genomics, University at Albany, East Campus, B342A, One University Place, Rensselaer, New York 12144-2345, USA (D.S.C.); Department of Genetics, Harvard Partners Center for Genetics and Genomics, Harvard Medical School Room 158D, NRB, 77 Avenue Louis Pasteur, Boston, Massachusetts 02115, USA (M.S., T.W. and S.J.E.) Correspondence and requests for materials should be addressed to G.J.H. (hannon@cshl.org) or S.J.E. (selledge@genetics.med.harvard.edu). Gene silencing by RNA interference (RNAi) in mammalian cells using small interfering RNAs (siRNAs) and short hairpin RNAs (shRNAs) has become a valuable genetic tool. Here, we report the construction and application of a shRNA expression library targeting 9,610 human and 5,563 mouse genes. This library is presently composed of about 28,000 sequence-verified shRNA expression cassettes contained within multi-functional vectors, which permit shRNA cassettes to be packaged in retroviruses, tracked in mixed cell populations by means of DNA 'bar codes', and shuttled to customized vectors by bacterial mating. In order to validate the library, we used a genetic screen designed to report defects in human proteasome function. Our results suggest that our large-scale RNAi library can be used in specific, genetic applications in mammals, and will become a valuable resource for gene analysis and discovery. 2004年3月30日，Open Biosystems公司正式宣布Expression Arrest? Human & Mouse Short Hairpin RNA (shRNA) Libraries对外发售。该Expression Arrest? shRNA Libraries构建者们设计、合成、测序并克隆了上千个小分子发夹RNA，研究者只需在网上数据库中选择特定的shRNA克隆就可在近期内得到用于RNAi用的shRNA。
Expression Arrest? shRNA文库由Open Biosystems公司运作上市，目前人和小鼠的文库总共包括6,500个基因，每个基因包括1-4个shRNA克隆。这些基因主要是一些非常有应用前景的基因，其蛋白质成分有可能在将来的疾病治疗领域发挥作用。该文库正在发展壮大，Open Biosystems寄希望将来的文库能包括目前所有证实的人和小鼠基因，且每个基因包括6-10个shRNA克隆。 Expression Arrest? shRNA文库的出现是大规模RNAi筛选技术的突破，科研工作者可以通过非常简单的方式直接从该文库中找到针对某特定基因的shRNA，无需耗时耗力的siRNA设计、合成和验证过程。 Benefits of shRNA vs. siRNA
冷泉港实验室（CSHL）提供的人的shRNA文库的出现可以免去客户设计和合成siRNA的烦恼，针对目标基因的每个小分子shRNA均被克隆和测序验证。为了确保最有效的调控基因的表达水平，每个基因都设计了多个shRNA克隆，每个shRNA序列都分别与目标基因的特异序列相对应。当您订购对某一个基因下单时，该基因所有的shRNA克隆都会一起提供给您。
美国冷泉港实验室（CSHL）的Dr. Greg Hannon构建了针对小鼠特异目标基因的shRNA文库。1.1版本的文库包括3,500 shRNA克隆，覆盖850小鼠基因。该文库可以快速、高效地对哺乳动物细胞进行功能缺失的遗传筛选和遗传相互作用的检测。 冷泉港实验室（CSHL）提供的小鼠的shRNA文库的出现可以免去客户设计和合成siRNA的烦恼，针对目标基因的每个小分子shRNA均被克隆和测序验证。为了确保最有效的调控基因的表达水平，每个基因都设计了多个shRNA克隆，每个shRNA序列都分别与目标基因的特异序列相对应。当您订购对某一个基因下单时，该基因所有的shRNA克隆都会一起发给您。
Expression Arrest Zebrafish Morpholino文库由美国著名的Gene Tools, LLC公司开发，Open Biosystems是该公司的独家代理。通过该模式生物可以为科研工作者提供了解译基因功能的途径。
利用MF对斑马鱼胚胎中广泛表达的GFP基因（转基因产物）在所有的细胞中进行了敲除。在这项研究中建立了等量的已知基因突变和人类疾病模型，利用MF确定了一些新的基因功能。有报道说MF可以纠正突变的b球蛋白前体mRNA的错误剪接，具有潜在的治疗意义。用与错误剪接位点互补的寡聚核苷酸处理地中海贫血病人外周血中的红细胞祖先，可以纠正错误剪接，提高血色素A的合成。然而，由于细胞对MF的摄取量有限，这些实验需要较高的寡聚核苷酸浓度，对细胞膜造成机械损伤。另外一些研究报道观察到MF有非特异性的副作用。 Morpholino一般与目标基因起始位点的序列互补（大概互补区间长度在25-50个碱基左右），每个寡核苷酸都通过质谱检测验证，无菌包装运输。购买时，每个morpholino的量是50 nM（冻干粉）。 |
