《内经》认为健康和养生的关键是协调平衡阴阳。在人体保持健康的过程中，阴阳始终是处于从不平衡到平衡的自我调节中，中医养生和治疗中所要调节的阴阳既包括实体物质，也包括交流的信息和某种蕴含的规律。因此，有人将人体阴阳的自我调节与物理学中热力学的熵联系起来，认为熵的产生、集聚就是阴阳不平衡，在生命过程中熵会不断产生、堆积，而维持健康就必须不断排熵，这种认识与中医认为阴阳在人体的相对平衡状态有些相似。
阴阳容易偏盛、偏衰，因此中医治疗和养生的原则之一就是平调阴阳，无论饮食起居、药物、运动等治疗或养生保健的措施都必须围绕协调人体阴阳的相互关系上。在协调阴阳治疗、养生的具体要求方面，中医不但重视人体本身阴阳的平衡关系，而且还十分强调人体与自然相协调，与社会相协调，需要根据自然阴阳的变化来调摄自身阴阳的重要意义。
《素问·上古天真论》：“上古之人，其知道者，法于阴阳，和于术数，食饮有节，起居有常，不妄作劳，故能形与神俱，而尽终其天年，度百岁乃去。”以及本篇论及真人把握阴阳，至人和于阴阳，贤人逆从阴阳等都说明顺应和调和阴阳以养生的重要意义。
《素问·四气调神大论》：“夫四时阴阳者，万物之根本也。所以圣人春夏养阳，秋冬养阴，以从其根，故与万物沉浮于生长之门。”“故阴阳四时者，万物之终始也，死生之本也，逆之则灾害生，从之则苛疾不起，是谓得道。道者，圣人行之，愚者佩（违背）之。从阴阳则生，逆之则死。从之则治，逆之则乱。反顺为逆，是谓内格。”也说明调和阴阳是养生的根本，是治疗疾病的根本。
在治疗中，《内经》认为协调阴阳的方法可以是直接抑其过亢，补其不足（类似现代医疗的对抗治疗）的物质、信息，也可以顺应疾病趋势，把握病机采取逆病机，顺病症趋势的治疗，或顺势疏导，或上病下取，下病上取，内病治外，外病治内的改变关系、化解矛盾的方法，这些都是《内经》协调平衡阴阳的疾病治疗学思想。
《内经》阴阳理论的临床指导意义，还包括诊断中辨识疾病（证候、病机）的阴阳属性、病机（病因、病程、禀赋等）的量—质（阴阳量质关系）及系统相关（阴阳联系）关系，以更准确地指导治疗中协调平衡阴阳方案的制定。把握阴阳治疗疾病，关键在辨别阴阳真伪、主次、先后等，然后采取或逆或从，或先逆后从，先从后逆，或组方配伍，相辅相佐（逆从兼用）的治疗原则。如《素问·至真要大论》：“诸寒之而热者取之阴，热之而寒者取之阳，所谓求其属也。”求其属就是要抓阴阳失调的矛盾关键。
