肠道微生物对Crohn病（CD）发病初期和慢性Crohn病的影响长期受到质疑。然而对如此复杂的生态系统的研究是很困难的。
科学家们首次采用了宏基因组学的方法全面研究肠道微生物的多样性。他们从六个正常人和六个CD或者的粪便样本中抽提基因组DNA，使用fosmid载体构建了两个基因组库，这两个库分别由25000个克隆组成。细菌多样性通过DNA杂交筛选两个库中的16s rRNA。在选中的1190个克隆中，一共鉴别到了125个非冗余核糖分型，主要代表了拟杆菌门和硬壁菌门。在属于硬壁菌门的这些核糖分型中，43种存在于健康人的粪便中小生物群中，而仅有13个存在于CD患者(p<0.025)。直接用荧光原位杂交的方法分别杂交粪便样本中的16S rRAN（n=12）能够进一步证实在CD患者的小生物群中这些细菌比例的降低(p<0.02)。运用宏基因组方法，科学家们发现CD病人粪便样本中硬壁菌门细菌复杂性的降低是CD病的一个特征。同时，这种方法也提示还有新的细菌种类的存在。
