一、建立医药卫生组织和医院
太平天国革命运动的民主、进步、人道主义的医药卫生制度和措施，在中国近代医学史上写下了光辉的一页。太平天国十分重视医药卫生工作，早在太平军创建初期就已设专职的医务员。洪秀全在革命爆发初期曾发布命令，明确提出“努力保持老幼男女病伤，总要个个保齐”的卫生保健纲领，还逐步实施了一系列较进步的医药卫生措施。建都南京后，太平军的典章制度更加完备，其医疗机构分为“天朝政府、军队、地方”三大系统。卫生组织随着发展逐步完备。各军（每军约有13000人）设督医将军主管医务，下设内医（内科）、掌医（外科）、拯危急）急救员）、理能人（护理人员、负责看护伤员，管理茶饭、汤药）、马医等。
金田起义前后，有不少民间医生自动加入太平军，天朝曾出示招请民间各科医生，并制定了许多优待政策，对医生的选拔极为重视。为了便于群众就医，政府还安排60名医生于各街道，专为天京（南京）人民治病。他们大量推广简单易行且所费用甚廉的针灸治疗，与此同时，还组织人办采办和收集药材，设总药库并委派专人管理，统一调配供应药物。太平天国还十分关怀伤残兵士。《行军总要·体惜号令》中对伤员的运送、治疗、调养等均作了具体规定。1852年创设“能人馆”收治受伤官兵，定都天京后又增设“能人馆”多处，妥善收养伤病兵士。为了进一步推动医药卫生工作，干王洪仁玕建议废除庙宇寺观，将财物用于建立医院及跛盲聋哑院等，并主张通过考试录用医生，以提高医疗水平，他还在干王府设立一所中西合壁的医院，并亲自领导医院工作。
二、环境卫生与预防保健
为了保障广大军民的健康，太平天国十分注意环境卫生和公共卫生。《行营规矩》明令禁止随地大小便。每攻克一城，军队都要清理战场，掩埋死尸，搞好环境卫生，每天令“老民残废馆”中收养的老幼及有残疾者，打扫街道，捡拾字纸。这些措施有效地保证了环境卫生。太平天国实行了“公医制度”，无论军内还是百姓，所有的伤残病者一律由政府提供免费的医疗服务。同时还免费为居民耕种牛痘，预防天花，开辟了近代全民免疫接种的先例。老弱残疾的人由公家即“老民残废馆”供养。太平天国在农村中的医药卫生组织也很严密，设乡兵日间管理各户洒扫街渠。以防传染疾病。
三、禁烟传染
这了保障人民的健康，太平天国明令禁烟、禁娼妓、禁缠足、禁溺婴，并严禁星相巫和符水治病等迷信活动。对于吸食黄烟、洋烟（鸦片）等危害健康的行为也严格禁止。明令“贩卖者斩，吸食者斩。并严禁外商贩运鸦片。
